Он умер в своем баварском доме в Пекинге на Штарнбергском озере в окружении родных и близких.
Отто фон Габсбург - старший сын последнего австрийского кайзера Карла I и герцогини Зиты Пармской - родился 20 ноября 1912 года в нижнеавстрийском Райхенау. Согласно законам Австро-Венгрии, должен был наследовать на престоле своего отца.
После распада Австро-Венгерской империи семью отправили в ссылку сначала в Швейцарию, а затем на Мадейру, где Карл I скончался в 1922 году.
Наследный принц вырос в Испании и Бельгии. В середине 30-х защитил диссертацию по политико-социальной тематике в университете Левена (Бельгия). Отто фон Габсбург активно боролся против немецких национал-социалистов, пытаясь помешать аншлюсу Австрии. Во время Второй мировой войны уехал из Европы в США.
В 50-х годах Отто фон Габсбург вместе со своей женой поселился в Баварии и с тех пор отдал все усилия делу политического объединения Европы. С 1979 по 1999 год был депутатом Европарламента. До 2004 года на протяжении более тридцати лет занимал должность почетного президента Международного панъевропейского союза.
В 1989 году Отто фон Габсбург стал одним из главных инициаторов и организаторов так называемого "Панъевропейского пикника" на австро-венгерской границе, в ходе которого была открыта граница между двумя государствами.
В течение почти 50 лет Отто фон Габсбургу был запрещен въезд в Австрию. Австрийские власти разрешили въезд лишь в 1966 году, после долгого судебного разбирательства.
Украинская католическая церковь называет Отто фон Габсбурга "большим приятелем Украины, который горячо защищал европейский выбор нашей родины".