Маневри президента Індонезії Сукарно між США і СРСР призвели врешті до фіаско. Основними тригерами стали введення у 1964 році американських військ до Вʼєтнаму та спроба Сукарно побудувати «національну економіку» через націоналізацію майна, яким володіли іноземці. Крім того, все більшої влади від нього вимагала Комуністична партія Індонезії (PKI), якій протистояла армія. Кінець-кінцем армія втомилася стояти на варті й вирішила взяти владу у свої руки.
У ніч з 30 вересня на 1 жовтня 1965 року група офіцерів середньої ланки, повʼязаних з PKI, викрала й убила шістьох генералів. Офіційною інтерпретацією подій стала спроба комуністичного заколоту. Чимало дослідників сумнівається в ній і вважає, що спробу інсценувала сама армія. Тим більше, що головний вигодонабувач — генерал Сухарто — взагалі не постраждав, хоча, за офіційною логікою, мав би. Зараз ця подія є наріжним каменем офіційної індонезійської ідеології.
У результаті перевороту адміністрацію Сукарно замінив «Новий порядок» (Orde Baru) під керівництвом генерала Сухарто. Хоча не доведено, що США прямо причетні до заколоту, вони не приховували, що схвалюють його результати.
Сухарто залишався при владі 31 рік і був класичним диктатором правого спрямування. За його правління індонезійська армія взяла участь у декількох операціях, які вважають геноцидальними.
Перша чистка була спрямована проти комуністів: членів Комуністичної партії Індонезії (PKI) й усіх, кого вважали якось причетними чи бодай співчуваючими. Доведено, що ЦРУ передало відповідні списки індонезійській армії. До співчуваючих автоматично потрапляли, наприклад, атеїсти, бо вважали, що не вірити в Бога чи богів може лише комуніст. Але й тих, хто практикував іслам, християнство чи індуїзм, віра автоматично не спасала від переслідувань — достатньо було підозри в симпатіях до лівих ідей.
Або ж достатньо було народитися китайцем. Це етнічна група, яку винищували цілеспрямовано за кожного геноциду в Індонезії. Китайців завезли на острови ще голландці. У 1740 році, наприклад, вони становили половину населення тодішньої Батавії. Працювали в торгівлі, будівництві й на цукрових плантаціях. Однак падіння цін на цукор призвело до масового безробіття, що спричинило хвилю насильницьких протестів. VOC ввела війська, і ті впродовж кількох днів знищили понад п’ять тисяч китайців — переважно як конкурентів. Потім знищувати китайців продовжили в незалежній Індонезії. Головною причиною було бажання позбутися конкуренції, а головним приводом — сусідство комуністичного Китаю, через що кожного китайця, незалежно від його соціального статусу й поглядів, підозрювали у відповідних симпатіях. Дослідники описують це як перехресний геноцид, коли жертв знищують одночасно за політичними, класовими й етнічними ознаками.
У результаті загинули від 500 тисяч до мільйона осіб. Людей розстрілювали групами або зарубували мачете. Тіла скидали в братські могили або річки. Робили це і армія, і місцева міліція, до якої входили представники і релігійних, і націоналістичних груп. Близько півтора мільйона позбавили волі без суду і слідства. Багатьох змушували працювали, як, по суті, рабів. Під час допитів систематично катували, жінок ґвалтували. Усі ці методи стали типовими для всіх подальших масових знищень на території незалежної Індонезії.
Типовою стала особлива жорстокість у північній частині Суматри — в Ачеху. Цей регіон і за голландців страждав найбільше. А в 1965–1966 роках тут найбільше вбили і китайців, і комуністів. Хоч це передусім ісламський регіон Індонезії. Міжнародний народний трибунал 1965 року дійшов висновку, що злочини проти етнічних китайців в Індонезії, «цілком ймовірно, становлять геноцид згідно з Конвенцією про геноцид». Міжнародний трибунал у Гаазі 2015 року кваліфікував усі ці події як злочини проти людяності й геноцид національної групи.
Ачех, що потерпав найбільше за всіх режимів, також нещадно експлуатували. Там знайшли великі родовища нафти й газу, прибутки від яких не поспішали інвестувати в місцевий розвиток. Натомість з Яви й інших островів сюди привозили чужинців, аби зробити місцеве населення менш однорідним. А воно сповідує здебільшого ригористичну форму ісламу, і яванський іслам, наприклад, для нього недостатньо ортодоксальний. Сукупність цих чинників спровокувала невдовзі сепаратистський Рух за вільний Ачех (Gerakan Aceh Merdeka, GAM).
Центральний уряд почав придушувати цей рух ще голландськими методами масового терору, ба навіть перевершив їх. У 1989 році Ачех оголосили зоною військових операцій. Армія отримала право вбивати без суду. Нідерландська газета NRC Handelsblad опублікувала репортажі: 12 вересня 1990 року вантажівка, що перевозила 56 в’язнів з тюрми Ранконг, зупинилася. В’язнів розстріляли з гвинтівок M16, а їхні тіла скинули в ущелину; У квітні вантажівка з 41 чоловіком і жінкою заїхала за 30 км від Такенгена. Жертви вийшли з машини і були застрелені. Місцеві жителі наполягають, що ці вбивства — справа рук армійських ескадронів смерті, одягнених у цивільне.
За весь період «військової операції» вбили від 9 до 12 тисяч цивільних. Вдавалися до тортур. Вчиняли наругу над жінками. Багато хто зник безвісти. Села спалювали лише через підозру, що там ховаються бойовики GAM. «Військову операцію» скасували аж 1998 року, після падіння режиму Сухарто.
2005 року сторони уклали мирну угоду, за якою Ачех отримав реальну автономію.