Маневрування президента Індонезії Сукарно між США та СРСР врешті-решт призвело до фіаско. Основними тригерами фіаско стали введення у 1964 році американських військ до Вʼєтнаму та спроба Сукарно побудувати “національну економіку” через націоналізацію майна, яким володіли іноземці. Крім того, все більшої влади від нього вимагала Комуністична партія Індонезії (PKI), якій протистояла армія. Кінець-кінцем, армія втомилася стояти в караулі і вирішила взяти владу в свої руки.
У ніч з 30 вересня на 1 жовтня 1965 року група офіцерів середньої ланки, повʼязаних із PKI, викрала та вбила шістьох генералів. Офіційною інтерпретацією цих подій стала спроба комуністичного заколоту. Чимало дослідників має сумнів щодо такої інтерпретації і вважає, що спроба була інсценована самою армією. Тим більше що головний вигодонабувач цієї події, генерал Сухарто, взагалі не постраждав, хоча за офіційною логікою подій мав би. Зараз ця подія є наріжним каменем офіційної індонезійської ідеології.
У результаті перевороту адміністрація Сукарно була замінена “Новим порядком” (Orde Baru) під керівництвом генерала Сухарто. Хоча не доведено, що США були прямо причетні до заколоту, вони не приховували свого схвалення його результатів. В результаті, Сухарто залишався при владі 31 рік і був класичним диктатором правого спрямування. За його правління було здійснено декілька операцій за участю індонезійської армії, які вважаються геноцидальними.
Перша влаштована ним чистка була спрямована проти комуністів. Це були члени Комуністичної партії Індонезії (PKI) та всі, кого вважали якось причетними чи бодай трохи співчуваючими. Доведено, що ЦРУ було передало відповідні списки індонезійській армії. До співчуваючих автоматично відносили, наприклад, атеїстів, бо вважали, що якщо людина не вірить у Бога чи богів, то це може бути лише комуніст. Але й тих, хто практикував іслам, християнство чи індуїзм, це автоматично не спасало від переслідувань — достатньо було лише підозри у симпатіях до лівих ідей.
Або ж достатньо було бути китайцем. Це була етнічна група, яку винищували цілеспрямовано за кожного геноциду в Індонезії. Китайці були завезені на острови ще голландцями. У 1740 році, наприклад, вони становили половину населення тодішньої Батавії. Вони працювали в торгівлі, будівництві та на цукрових плантаціях. Однак падіння цін на цукор призвело до масового безробіття, що, своєю чергою, спричинило хвилю насильницьких протестів з їхнього боку. VOC ввела війська, і упродовж кількох днів понад п’ять тисяч китайців було знищено — переважно як конкурентів. Потім знищення китайців продовжили і в незалежній Індонезії. Головною причиною було бажання позбавитися конкуренції, а головним приводом — сусідство коммуністичного Китаю, через що кожного китайця, незалежно від його соціального статусу та поглядів, підозрювали у відповідних симпатіях. Дослідники описують це як «перехресний геноцид», коли жертв знищують одночасно за політичними, класовими та етнічними ознаками.
В результаті загалом загинуло від 500 тисяч до мільйона осіб. Людей розстрілювали групами або зарубували мачете. Тіла скидали в братські могили або в річки. Робили це представники і армії, і місцевої міліції, до якої входили представники і релігійних, і націоналістичних груп. Близько півтора мільйона було позбавлено волі без суду і слідства. Багатьох з них змушували працювали як по суті рабів. Під час допитів систематично використовувалися тортури, жінок гвалтували. Всі ці методи стали типовими для всіх подальших масових знищень на території незалежної Індонезії.
Типовою стала особлива жорстокість у північній частині Суматри — в Ачеху. Цей регіон і за голландців страждав найбільше. А в 1965-1966 роках тут більше всього було вбито і китайців, і комуністів. При тому, що це найбільш ісламський регіон Індонезії. Міжнародний народний трибунал 1965 року дійшов висновку, що злочини проти етнічних китайців в Індонезії «цілком ймовірно становлять геноцид згідно з Конвенцією про геноцид». Міжнародний трибунал у Гаазі у 2015 році кваліфікував всі ці події як злочини проти людяності та геноцид національної групи.
Ачех, що страждав найбільше за всіх режимів, також нещадно експлуатувався. Тут були знайдені великі родовища нафти та газу, прибутки від яких мало інвестувалися у місцевий розвиток. Натомість з Яви та інших островів сюди привозили чужинців, аби зробити менш однорідним місцеве населення. А місцеве населення здебільшого сповідує ригористичну форму ісламу, для якого яванський іслам, наприклад, недостатньо ортодоксальний. Сукупність цих чинників призвела до швидкого формування сепаратистського Руху за вільний Ачех (Gerakan Aceh Merdeka, GAM).
Центральний уряд почав подавляти цей рух, застосовуючи ще голландські методи массового терору та перевершуючи їх. У 1989 році Ачех було оголошено Зоною військових операцій. Армія отримала право вбивати без суду. Нідерландська газета NRC Handelsblad опублікувала наступні репортажі. 12 вересня 1990 року вантажівка, що перевозила 56 в’язнів із тюрми Ранконг, зупинилася. В’язнів розстріляли з гвинтівок M16, а їхні тіла скинули в ущелину... У квітні вантажівка з 41 чоловіком і жінкою заїхала за 30 км від Такенгена. Жертви вийшли з машини і були застрелені. Місцеві жителі наполягають, що ці вбивства — справа рук армійських «ескадронів смерті», одягнених у цивільний одяг.
За весь період “військової операції” було вбито від 9 до 12 тисяч цивільних. Багато зникло безвісти. Села палили цілком лише за підозрою, що там ховаються бойовики GAM. Цивільних піддавали тортурам, а жінок гвалтували. Лише після падіння режиму Сухарто у 1998 році “військову операцію” було скасовано. А в 2005 році була досягнута мирна угода, за якою Ачех отримав реальну автономію.