Боротьба з "вуличною корупцією", наприклад, хабарництвом співробітників дорожньої інспекції, тобто осіб, що не є політично впливовими особами, як правило, не потребує додаткових заходів захисту органу, який проводить цю боротьбу, від політичного тиску. З іншого боку, кримінальне переслідування високопоставлених чиновників, які можуть мати значний вплив на діяльність виконавчої чи судової гілки влади, або боротьба з системною корупцією в країнах, де відносно слабкі правоохоронні та контрольні органи і відсутнє якісне державне управління, будуть приречені на невдачу, без створення в країні сильної, незалежної установи по боротьбі з корупцією.
Формальна і матеріальна незалежність такої установи є важливим чинником, який визначає якість її роботи, хоча сама по собі така незалежність не гарантує успіху. Всі зусилля формально незалежного органу можуть бути перекреслені політичною доцільністю. Справжня політична воля разом з наданням службі всіх необхідних повноважень, кадрових і матеріальних ресурсів також, а, можливо, ще більше важлива для ефективної боротьби з корупцією, як і формальна незалежність. У світлі вимог міжнародних документів найважливішою рисою спеціалізованого інституту є не повна незалежність, а скоріше необхідний рівень організаційної та операційної автономії, гарантований інституційними та законодавчими механізмами, які запобігають як неправомірному політичному втручанню, так і «попереджувальній його слухняності». Тобто, незалежність, насамперед, означає деполітизацію інституту боротьби з корупцією.
Адекватність рівня незалежності та автономії залежить від типу і кола повноважень створюваної установи. Служба, наділена правоохоронною функцією розслідування та переслідування, як правило, вимагає вищого рівня незалежності, ніж та, яка виконує превентивні функції. Національна служба, наділена всіма функціями, необхідними для боротьби з корупцією, з одного боку, вимагає найвищого рівня незалежності, а з іншого - створення прозорої та всеосяжної системи її підзвітності.
Питання про незалежність служби, створюваної у формі спеціалізованого органу, потребує особливої обережності. Поліція та інші оперативно-розшукові органи в більшості країн входять до структури Міністерства внутрішніх справ або Міністерства юстиції і характеризуються високим рівнем централізації та ієрархічної підпорядкованості. Це (хоча і меншою мірою) відноситься і до прокурорських служб у тих країнах, де вони підпорядковані виконавчій владі, і не є частиною судової гілки влади.
У таких правових системах ризик незаконного втручання в діяльність правоохоронних органів є значно вищим, якщо конкретний слідчий і прокурор не наділений правом самостійного прийняття рішень з конкретних справ, і де вищестоящий або старший прокурор мають право на свій розсуд втручатися в хід слідства. З метою зменшення можливостей окремих осіб зловживати правами, якими вони володіють у певній ієрархічній та командній системі, і тим самим можуть порушити таємницю слідства чи впливати на прийняття рішень про порушення справи, її продовження або припинення, особливого значення набуває незалежність таких органів.
Положення органу у структурі державної влади та рівень його незалежності може визначати не тільки репресивна, а й превентивна функція. Якщо мати на увазі таку специфічну превентивну функцію як контроль за декларуванням доходів і майна посадових осіб та попередження конфлікту інтересів на державній службі, орган, який займається збором і перевіркою інформації про високих посадовців держави (членів уряду, парламенту, суддів і прокурорів та інших), не може перебувати в системі виконавчої влади, так як це може призвести до порушення принципу поділу влади
Спеціалізована служба боротьби з корупцією у своїй діяльності повинна спиратися на чітку законодавчу базу, якою визначаються її правовий статус, компетенція, місце в системі органів влади; процедура призначення і зняття з посади керівника; внутрішню організаційну структуру; завдання; юрисдикцію; права та обов'язки; бюджет; правила формування кадрового складу, процедури взаємодії з іншими інститутами (особливо правоохоронними і контрольними органами), підзвітність і систему звітності та інше.
Важливою є роль керівника Національної служби боротьби з корупцією. У якомусь сенсі він є втіленням непідкупності державної служби як такої. Процедура його призначення повинна відрізнятися прозорістю і містити гарантії, що на цю посаду не буде призначена випадкова особа, або особа моральні якості якої викликають сумніви. Особливість цієї процедури полягає у необхідності консенсусу між основними політичними силами. Вона не може вважатися досконалою, якщо глава спеціалізованої служби призначається одним органом (Прем’єр-Міністром чи Президентом).
Дуже важливим питанням є належне фінансування антикорупційного органу. Хоча повна фінансова незалежність неможлива (проект бюджету розробляється Урядом) він повинен отримати схвалення парламенту. Щоб не допустити свавілля виконавчої влади у цій сфері, мають існувати правові гарантії стабільного його фінансування.
«Критерії незалежності», закладені в деяких міжнародних правових актах, значно відрізняються один від одного і є досить суперечливими. Жоден державний інститут не може користуватися абсолютною свободою, в кожному випадку повинні бути вироблені і закріплені принципи підзвітності та прозорості.
Яку форму спеціалізації не мав би інститут боротьби з корупцією, він повинен бути інтегрований в існуючу систему стримувань і противаг, що є основою демократичної форми правління. Пояснювальна доповідь до Конвенції про кримінальну відповідальність за корупцію містить положення, що «незалежність установ по боротьбі з корупцією не повинна бути абсолютною. Діяльність таких установ має бути інтегрована і здійснюватися у співпраці з органами поліції, державного управління та прокуратури. Рівень незалежності цих установ повинен бути достатнім для належного виконання ними своїх функцій»
Незалежність не повинна підмінятися відсутністю звітності та відповідальності: при здійсненні покладених законом на спеціалізовану службу функцій, вона має дотримуватися принципів верховенства закону і всесвітньо визнаних прав людини. Форми звітності осіб та служби, що здійснює боротьбу з корупцією, повинна відповідати рівню її спеціалізації, положенню у системі органів державної влади, мандату і функціями цього органу, і, насамперед, відповідати рівню владних повноважень, які можуть застосовуватися щодо інших суспільних інститутів і громадян.
За будь-якої форми звітності Національна служба боротьби з корупцією зобов'язана подавати регулярні звіти про свою діяльність в органи виконавчої та законодавчої влади, а також забезпечувати і активно стимулювати публічний доступ до інформації про свою роботу. Установи, що володіють правоохоронними повноваженнями, повинні перебувати під наглядом судових і прокурорських органів. Хорошим прикладом є передбачений законопроектом орган при Національній службі боротьби з корупцією зовнішнього нагляду за його діяльністю під назвою Громадська Рада, до якої увійшли б представники громадянського суспільства.
Незалежність і підзвітність взаємно доповнюють і зміцнюють один одного. Як показує досвід багатьох країн, у діяльності спеціалізованого інституту має велике значення підтримка громадянського суспільства (що можливо тільки при високих стандартах чесності в цій установі ), яка набуває особливого значення, коли інститут зазнає політичних утисків.