Уголовное дело по факту смерти Ежи Зьобро было возбуждено в 2006 году после соответствующего заявления семьи в прокуратуру. Для семьи Зьобро возбуждение уголовного дела стало началом длительной битвы с краковскими медиками. Однако, позиции семьи существенно осложнила театрализованная кампания против «врачей-убийц», которую министр юстиции Збигнев Зьобро развернул в 2007.
Отношения с медиками у правительства не заладились. В 2006 году по данным Gazety Wyborczej, в стране бастовали около 80 больниц — врачи и младший медперсонал требовали повышения оплаты труда. А уже в феврале 2007 года Збигнев Зьобро развернул самый громкий медицинский скандал в истории Польши. При участии Центрального антикоррупционного бюро в Варшаве был арестован директор клиники кардиологии центральной клинической больницы Варшавы Мирослав Гарлицки. Доктор был задержан 12 февраля на рабочем месте сотрудниками Центрального антикорруционного бюро вместе с двумя коллегами. Впоследствии двое врачей были отпущены, а Мирослава Гарлицкого арестовали. 14 февраля директор антикорруционного бюро Мариуш Каминьски и министр юстиции Збигнев Зьобро провели совместнуюю конференцию, на которой объявили об аресте, сообщили об обвинениях, предъявленных арестованному и показали оперативную съемку ареста. Арестованному, среди прочего, вменялись многочисленные факты коррупции и непредумышленное убийство пациента.
Министр юстиции, который это дело принял очень близко к сердцу, не скупился на комментарии после его обнародования. Он не смущаясь называл арестованного убийцей и благодарил медицинское сообщество, благодаря которому дело попало в поле зрения антикоррпционного бюро. (Главным обвинением было непредумышленное убийство одного из пациентов доктора Гарлицкого в 2004 году. Пациент умер после пересадки сердца из-за нарушений во время операции).
Однако, Мирослав Гарлицкий роль ритуальной жертвы играть оказался и развил бурную деятельность. Сначала он добился освобождения под залог, а потом подал иск в суд с требованием возмещения морального ущерба. По мнению истца, высказывания министра (до суда) были необоснованными. Суд обязал министра за свой счет разместить в главных теленовостях страны и печатных СМИ опровержение и выплатить истцу материальную компенсацию. Врач также обратился с жалобой на государство в Страсбургский суд, потребовав €100 тыс. компенсации. Иск был принят к рассмотрению.
Как и следовало ожидать, выводы экспертов не были единодушными. Дело Мирослава Гарлицкого тянется до сих пор. Решением Верховного суда Польши в феврале 2010 года дело было направлено на повторное расследование во окружную прокуратуру в Варшаве. На сегодня главными обвинениями считаются многочисленные факты коррупции, о которых СМИ время от времени сообщают, что они оказались недоказуемыми.
Таким же длинным оказалось и следствие по делу о смерти отца бывшего министра. За четыре с половиной года, прошедших с дня смерти Ежи Зьобро потенциальных обвиняемых польская прокуратура не нашла. Еще в 2008 году судебные медики из Лодзи предоставили краковской прокуратуре заключение из которого следовало, что действия лечащего врача Ежи Зьобро Дариуша Дудека были абсолютно оправданы, и никаких нарушений при лечении пациента не было. Ознакомившись с этим отчетом, прокуратура следствие по делу прекратила.
После этого семья Зьобро потратила около 100 тысяч злотых, на альтернативные экспертные заключения. Свое мнение по делу предоставили врачи из США и нескольких стран Европы.
После этого краковский суд принял решение о возобновлении следствия. Но с тех пор, оно особо не продвинулось. А семья покойного знает, что время играет против них. следственные действия по делу будут прекращены после 2 июля 2011 года, поскольку истечет пятилетний срок, в течение которого можно привлечь к суду человека, подозреваемых врачей. А тем временем, польские эксперты, отчеты которых нужны для продолжения дела, срывают сроки и всячески его затягивают. Семья продолжает бороться.