По данным издания, "дело о двух акциях" было выведено из общего следствия по хищениям в Банке Москвы летом 2011 года. Кроме Бородина, по уголовному делу обвиняются его заместитель Дмитрий Акулинин, а также вице президент ССГ Максим Шепелев и директор компании "Финансовый ассистент" Дмитрий Жукевич. В конце ноября 2011 года материалы дела были переданы в Следственный комитет России.
До 2010 года ССГ контролировалась Банком Москвы через дочерние структуры. Кредитной оргнанизации принадлежало 25 процентов плюс одна акция "Финансового ассистента", который, в свою очередь, владел 25-ти процентным пакетом ССГ.
Следствие полагает, что осенью 2010 года Жукевич по просьбе Бородина и Акулинина продал две акции "Финансового ассистента" кипрскому офшору Billiton Limited за 2400 рублей. В результате этой операции Банк Москвы потерял контроль над ССГ. Кроме того, контроль над группой не смог вернуть и ВТБ, который к осени 2011 года стал главным акционером Банка Москвы. Свой ущерб в ВТБ оценивают в 1,7 миллиарда рублей.
Бородин и Акулинин с апреля 2011 года обвиняются по статье 159 Уголовного кодекса РФ ("Мошенничество"). Как полагает следствие, топ-менеджеры способствовали выдаче Банком Москвы кредита в 12,76 миллиарда рублей компании "Премьер эстейт". Перед выдачей кредита банк провел дополнительную эмиссию на 15 миллиардов рублей, которую полностью скупило столичное правительство.
Кроме того, Андрей Бородин и Дмитрий Акулинин обвиняются в мошенничестве за махинации с акциями компании "Инвестлеспром". Как полагает следствие, в 2006 году Банк Москвы по распоряжению топ-менеджеров продал акции "Инвестлеспрома" компании "Лесонавигатор", подконтрольной Бородину и Акулинину, за 10 тысяч рублей. В 2007 году ценные бумаги перепродали офшорным фирмам. Позднее Банк Москвы по инициативе Бородина и Акулинина выкупил 19,9 процента акций "Инвестлеспрома" за 199 миллионов долларов США.
В настоящее время Бородин и Акулинин находятся за пределами России.