Он был признан виновным по нескольким пунктам, включая обвинения в негуманном отношении к военнопленным, убийствах и преследовании на национальной почве мирного населения в Боснии и Герцеговине в ходе боснийской войны 1992-1995 годах.
Гаагский трибунал также инкриминировал Перишичу финансовую поддержку сербов в ходе этнических чисток в Сараеве и Загребе, в том числе в ходе этнических чисток после взятия сербами села Сребреница в 1995 года. Перишича признали виновным в оказании различного рода поддержки сербам, совершившим преступления против человечности.
Сам подсудимый не признал себя виновным ни по одному из пунктов обвинения.
Перишич являлся одним из видных деятелей времен бывшей Югославии, занимал пост главы Генерального штаба с 1993 по 1998 год. Добровольно сдался Гаагскому трибуналу 7 марта 2005 года, когда ему было предъявлено официальное обвинение.