Марчук участвовал в президентских выборах 1999 года, которые выиграл Кучма. На финальной стадии предвыборной кампании, в ноябре 1999 года, Кучма назначил Марчука секретарем Совета национальной безопасности и обороны Украины. В 2003 году он получил пост министра обороны.
Напомним, 28 марта стало известно, что в рамках расследования уголовного дела в отношении второго президента Украины Леонида Кучмы Генпрокуратура допросит экс-председателя СБУ Леонида Деркача (1998-2001), экс-главу администрации президента Виктора Медведчука (2002-2005) и экс-секретаря СНБО Евгения Марчука (1999-2003).