Сюжеты версий Nier для различных консолей несколько отличаются: так, в Replicant главный герой игры спасает свою младшую сестру, а более взрослый герой Gestalt спасает свою дочь. В Северной Америке между версиями для разных платформ нет существенных различий: сюжет обеих версий совпадает с Nier Gestalt.
За разработку игры отвечали сотрудники студии Cavia, известной благодаря проектам Resident Evil: The Umbrella Chronicles и Bullet Witch. Nier представляет собой ролевую игру с элементами экшна. Ее события разворачиваются мире, где человечеству грозит вымирание от эпидемии болезни. В середине апреля стало известно, что разработчики уже приступили к созданию дополнения к Nier.
После анонса Nier в СМИ появились слухи о том, что игра не выйдет в Японии. Они были связаны с заявлением представителей Square Enix о том, что проект ориентирован на западный рынок.