Также в рамках исследования планируется проанализировать доводы, изложенные в материалах, поступивших в СК в декабре 2011 года из президентского Совета при по развитию гражданского общества и правам человека. В этих материалах говорится о должностных преступлениях, предположительно совершенных в отношении Магнитского.
В сообщении СК говорится, что в целом расследование дела, возбужденного после смерти заключенного, уже завершено. Двум сотрудникам Бутырского СИЗО, - лечащему врачу Магнитского и замначальнику СИЗО по лечебно-профилактической работе, - предъявлены обвинения в причинении смерти по неосторожности и халатности.
Магнитский, обвиняемый в разработке схем по уклонению от налогов для фонда Hermitage Capital, скончался в больнице СИЗО "Матросская тишина" 16 ноября 2009 года. В больницу его перевезли из Бутырского СИЗО незадолго до гибели. Согласно официальному заключению, причиной смерти 37-летнего заключенного стала сердечная недостаточность. Гибель Магнитского привлекла внимание правозащитников.
В ноябре 2011 года Hermitage Capital подготовил 100-страничный доклад под названием "Пытки и убийство Магнитского. Сокрытие правды государственными органами". В докладе используется информация из писем, протоколов и других документов. Авторы доклада делают вывод, что заключенного избивали и не обращали внимания на его заявления об ухудшении здоровья.