Работа заняла полтора года, полотно вернулось в экспозицию 14 июля.
В ходе реставрации музейные эксперты установили, что Леонардо самостоятельно нарисовал всю картину. Ранее считалось, что частично в работе над «Мадонной» участвовали ученики и помощники художника.
Кроме того, стало очевидно, что картина так и не была завершена. Неодинаковая степень проработки деталей на полотне всегда удивляла искусствоведов; более того, проведенный в 2005 году рентген показал, что под слоем краски находится не один, а два предварительных рисунка, разительно отличающихся друг от друга.
На реставрацию работ старых мастеров нет единого экспертного взгляда, в частности из-за того, что ранее использовались методы (впоследствии себя дискредитировавшие), которые навредили изображениям.
Тем не менее, сотрудники галереи настояли на том, что необходимо браться за «Мадонну», так как лак, использованный при реставрации в 1948 году, начал желтеть, трескаться и собирать грязь. В результате этого стало теряться ощущение пространства, переданное Леонардо.
Реставраторы оставили тонкий слой старого лака, а не стали снимать его полностью, чтобы добраться до поверхности краски. Полное снятие лака может наносить ущерб некоторым аспектам изображения.
Леонардо написал две «Мадонны в скалах»; ранняя версия (1483-1486) находится в Лувре. Картина, что в Национальной галерее, была создана между 1495 и 1508 годами.