Народився 25 травня 1964, Кривий Ріг, Дніпропетровська область.
Закінчив Криворізький гірничорудний інститут.
Одружений. Дружина — Лариса Миколаївна Шефір. Виховують сина.
Брат - Борис Шефір.
Авторський стаж - більше 15-ти років. Писав разом з братом Борисом Шефіром для команд КВН: «Мінськ», «Махачкалинские бродяги», «Запоріжжя-Кривий Ріг-Транзит» (Чемпіон СНД), «95-й квартал», «Збірна ХХ століття», «Збірна ХХI століття».
Режисер, продюсер, сценарист, грав в командах «Криворізька шпана» і «Запоріжжя-Кривий Ріг-Транзит».
У 2003 році переїхав разом з Володимиром Зеленським та Борисом Шефір з Москви до Києва і став співзасновником «Студії Квартал-95». Входить до складу авторської групи «Три Е» «Студії Квартал-95». Співавтор шоу «Вечірній квартал». В останні кілька років «Студія Квартал-95» звернула увагу на кіноіндустрію. Восени 2007 року в «Студії Квартал-95» виникла сьома авторська група «Кіно Квартал», мета створення якої - написання сценаріїв до фільмів. У зв'язку з цим були написані сценарії фільмів «Свати», «Привиди» і «Любов у великому місті». Сергій є співавтором ідеї фільмів і автором ряду діалогів.
Сергій Шефір був одним з лідерів виборчого штабу Володимира Зеленського.
21 травня 2019 року був призначений першим помічником 6-го президента України Володимира Зеленського. У березні 2024 року президент Володимир Зеленський звільнив Шефіра з посади свого першого помічника.
Сценарист
2005 — Їсти подано! (Україна); 2006 — Професор у законі (Україна); 2010 — Новорічні свати (Україна); 2011 — Легенда. Людмила Гурченко (Україна).
Продюсер
2009 — Як козаки … (Україна); 2010 — Свати 4 (Україна); 2010 — Новорічні свати (Україна); 2011 — Свати 5 (Україна); 2012 — 8 перших побачень; 2012 — Ржевський проти Наполеона.
01.04.2024