Народився в 1929 році в селі Благодатному Амвросіївського району Сталінської округи у родині шахтаря. Ім'я у світі – Михайло Антонович Денисенко.
1946 року, після закінчення середньої школи, вступив до третього класу Одеської духовної семінарії, яку закінчив з відзнакою.
1952-го закінчив Московську духовну академію з науковим ступенем кандидата богослов'я.
1 січня 1950 року прийняв чернечий постриг з ім'ям Філарет.
15 січня 1950 року Святішим Патріархом Московським і всієї Русі Алексієм був висвячений на сан ієродиякона, а 18 червня 1951 року - на сан ієромонаха.
З 1953 року – викладач Московської духовної академії.
1956-го призначений інспектором Саратовської духовної семінарії зі зведенням у сан ігумена.
1957 року переведений на посаду інспектора Київської духовної семінарії, а 12 липня 1958-го зведений у сан архімандрита та призначений ректором Київської духовної семінарії.
У 1960 році призначений керуючим справами Українського Екзархату та настоятелем Свято-Володимирського кафедрального собору в Києві .
1961-1962 рр. - настоятель подвір'я Російської Православної Церкви при Олександрійському патріархаті у місті Олександрії (Об'єднана Арабська Республіка).
У лютому 1962-го за рішенням Святішого Патріарха Олексія та Священного Синоду став єпископом Лузьким, вікарієм Ленінградської єпархії, з дорученням керувати Ризькою єпархією.
З червня до жовтня 1962 року виконував обов'язки Екзарха Середньої Європи. Після утворення єпархії РПЦ на території Австрії у жовтні 1962-го призначений єпископом Віденським та Австрійським. 12 грудня 1964 року призначений єпископом Дмитровським, вікарієм Московської єпархії, ректором Московської духовної академії та семінарії. 14 травня 1966 року зведений у сан архієпископа та призначений Екзархом України, архієпископом Київським та Галицьким, постійним членом Священного Синоду.
25 лютого 1968 року Патріархом Алексієм зведений у сан митрополита. У 1971 році Патріархом Піменом удостоєний права носіння двох панагій.
Після смерті Патріарха Пімена 3 травня 1990 року Священний Синод Російської Православної Церкви таємним голосуванням обрав митрополита Філарета Місцеблюстителем на Московський Патріарший престол. Був головою Помісного Собору РПЦ, що відбувся 7–8 червня 1990-го.
Філарет ініціював звернення до Патріарха Московського та всієї Русі Алексія II про надання Українській Православній Церкві самостійності та незалежності в управлінні. 25-27 жовтня 1990 року Архієрейський Собор РПЦ надав УПЦ самостійність та незалежність в управлінні, а митрополита Філарета одноголосно обрано українським єпископатом Предстоятелем Української Православної Церкви з титулом Митрополит Київський і всієї України.
Після ухвалення Верховною Радою 24 серпня 1991 року рішення про проголошення України незалежною державою з ініціативи митрополита Філарета 1–3 листопада 1991 року відбувся Всеукраїнський Помісний Собор УПЦ, який одноголосно ухвалив рішення про повну канонічну незалежність, тобто автокефалію Української Православної Церкви. Однак РПЦ відмовила надати Українській Православній Церкві автокефалію.
За вказівкою Патріарха Олексія ІІ у Харкові було скликано Собор, який обрав ще одного митрополита Київського. Ним став митрополит Володимир (Сабодан), котрий перед обранням був Керуючим справами Московської Патріархії РПЦ. Філарет розцінив такі дії РПЦ неканонічними та незаконними та відмовився визнати Володимира.
25 червня 1992 року відбувся Всеукраїнський Помісний Собор, на якому було проголошено об'єднання частини Української Православної Церкви та Української Автокефальної Православної Церкви до єдиної Української Православної Церкви Київського патріархату. Собор визнав незаконним рішення Архієрейського Собору РПЦ та обрав Патріархом Київським та всієї Русі-України митрополита Мстислава (Скрипника). Митрополита Філарета було обрано заступником Патріарха Київського і всієї Русі-України.
У жовтні 1995 року на Всеукраїнському Помісному Соборі митрополита Філарета було обрано Патріархом Київським і всієї Русі-України.
Митрополит Філарет виборює створення в Україні Помісної Православної Церкви Київського патріархату. З його ініціативи було перекладено українською мовою всі богослужбові книги.
15 грудня 2018 року на Об'єднавчому соборі православних церков в Україні у Києві Філарет не висувався на посаду митрополита Київської Православної церкви в Україні, якому Вселенський патріархат вручить томос про автокефалію. Після свого обрання предстоятелем Православної церкви України Єпіфаній у зверненні до людей, що зібралися на Софійській площі, оголосив Філарета духовним наставником Православної церкви України, який "буде й надалі почесним чинним довічно [наставником], який допомагає нам спільно будувати нашу єдину помісну українську православну".
Почесний член Московської духовної академії, почесний член Ленінградської духовної академії, доктор "Гоноріс Кауза" Будапештської реформаторської духовної академії та Пряшевського богословського факультету. Має найвищі нагороди Російської Православної Церкви та багатьох Помісних Православних Церков. Серед державних нагород: Орден "Дружби народів", Орден Трудового Червоного Прапора, Орден Свободи, Хрест Івана Мазепи. Філарет – повний кавалер Ордену Ярослава Мудрого.
07.12.2018