Художник походить із села Носівка на Чернігівщині, але у 1919 році родина переїхала в місто Ніжин, з яким у Шишка пов’язані і вдячні спогади про першого вчителя малювання Петра Лапу, і два роки викладання малюнку в ніжинських школах, і одруження, народження доньки, і зафіксовані на полотні міські пейзажі.
Інститут ім.Гоголя в Ніжині. 1938. Олія, картон. 23х30 см
Вчився у Київському художньому інституті (клас Федора Кричевського) та в Ленінградському інституті живопису, скульптури та архітектури. У 1942-43 роках Шишко перебував в евакуації в Самарканді – звідти цикл самаркандських пейзажів, з 1943 до 1944-го – жив у Загорську під Москвою, серія загорських етюдів залишилася на згадку про цей період життя. У 1944 році Сергій Шишко переїздить до Києва і Київ стає головною його темою в мистецтві, хоча, звісно, не єдиною – в доробку художника багато натюрмортів, карпатських і кримських пейзажів, замальовки з шевченківських місць, фронтові етюди, індустріальні й колгоспні теми.
Натюрморт. 1969. Олія, полотно. 118х85 см
На картинах Шишка зафіксовані післявоєнний Київ, відбудова, старі київські фонтани, будівництво на Русанівці, парки, пам’ятки архітектури, десятки столичних вулиць, схили Дніпра в усі пори року. У 1982 році за цикл «Київська сюїта» ( понад 100 картин) Сергій Шишко отримав шевченківську премію.
Фонтан. 1951. Олія, полотно. 58х72 см
Шишко розповідав: «Я пишу лише те, що навколо мене. Для мене пейзаж – це засіб пізнання світу, естетичного багатства навколишнього світу... Я завжди починаю працювати лише тоді, коли поетичне, гарне, передусім в кольоровій гаммі, відкривається в своїй реальній дійсності, коли відчуваю, що не можу не писати... важливу роль при цьому відіграють не лише безпосередні враження, але і спогади, асоціації і мрії».
Першотравневий парк. Над Дніпром. 1966. Олія, полотно. 60х70 см
Як французькі імпресіоністи змалювали Париж кінця ХІХ століття, так і Сергій Шишко залишив ліричний портрет Києва середини ХХ століття з імпресіоністичним фокусом. Роботи Сергія Шишка – одні з найдорожчих на українських аукціонах. В кінці життя Сергій Шишко малював майже виключно натюрморти, освоївши техніку пастелі. Помер художник у 1997 році, похований на Байковому цвинтарі.
Хрещатик взимку. 1967. Олія, полотно. 60х79.8 см