Народився 3 березня 1966 року у Москві.
У 1989 році закінчив Московський станкоінструментальний інститут, потім у 1992 році при цьому інституті закінчив аспірантуру. За професією – інженер та економіст.
Після закінчення аспірантури почав працювати директором у тестовій лабораторії, а пізніше очолив правління Міжнародного комп'ютерного клубу (МКК) – громадської некомерційної організації.
У 1998 році вступив на державну службу на посаді помічника з інформаційних систем обліку та контролю за надходженням податкових платежів керівника Державної податкової служби Російської Федерації. Потім працював у ранзі заступника міністра Російської Федерації з податків та зборів.
З 2004-2006 років - Керівник Федерального агентства кадастру об'єктів нерухомості (Роснерухомість) у складі Міністерства економічного розвитку Російської Федерації.
У грудні 2006 року Мішустін обійняв посаду керівника Федерального агентства з управління особливими економічними зонами (РосОЕ).
2008 року звільнився за власним бажанням з державної служби і знову зайнявся бізнесом - цього разу в галузі інвестицій.
З березня 2008 Мішустін два роки працював на посаді президента UFG Capital Partners і керуючого партнера групи UFG Asset Management (група UFG заснована в 1994 році колишнім міністром фінансів РФ Борисом Федоровим і, консультував в 1990-х роках уряд Санкт-Петербурга з питань приватизації, банкіром Чарльзом Райаном). На цій роботі Мішустін займався проектами із запуску венчурного фонду, фондів нерухомості, а також розвиток підприємництва в регіонах.
У лютому 2009 року увійшов до кадрового резерву президента Росії.
У 2010 – 2020 роках – керівник Федеральної податкової служби.
15 січня 2020 року президент Росії Володимир Путін був висунутий на посаду прем'єр-міністра Російської Федерації після відставки уряду РФ. 16 січня 2020 року Державна Дума РФ дала згоду президенту Росії на призначення глави Федеральної податкової служби Михайла Мішустіна прем'єр-міністром. На пленарному засіданні за його кандидатуру проголосували 383 депутати, ще 41 утримався, проти – 0. Цього ж дня Путін підписав указ про призначення Мішустіна главою уряду.
Мішустін є автором трьох монографій на тему податкового адміністрування. Ним було опубліковано понад 40 наукових статей.
Мішустін одружений і виховує трьох синів.
Захоплюється спортом, активно грає у хокей, увійшов до складу наглядової ради ХК ЦСКА.
27.01.2020