Народився 27 червня 1959 року в Харкові.
У 1976 році закінчив середню школу № 76 м Харкова.
У 1977 році вступив до ПТУ № 14 і закінчив його в 1979 році за спеціальністю «кресляр-конструктор».
Закінчив Національну юридичну академію імені Ярослава Мудрого за спеціальністю "правознавство" та Харківський державний економічний університет за спеціальністю "державна служба".
28 серпня 2013 захистив дисертацію на тему «Механізми впливу регіональної еліти на державне управління України».
Дружина - Оксана Гайсинська, дочка колишнього заступника Генпрокурора України, колишнього прокурора Києва Юрія Гайсинського. У Кернеса троє синів і троє онуків.
Згідно з офіційною біографією, трудову діяльність розпочав у 1977 році на харківському заводі Світло шахтаря. З 1980 р більш десяти років працював на державних підприємствах міста.
У 1992-1994 рр. - керівник виробничо-комерційної фірми Акцептор.
У 1994-1999 рр. - голова правління АТ НПК-Холдинг.
У 1999-2001 рр. - перший заступник директора дочірньої компанії Торговий дім Газ України.
У 2001-2006 рр. - президент АТВТ з іноземними інвестиціями НПК-Холдинг.
У квітні-травні 2002 року - секретар Харківської міської ради.
У 2002-2006 рр. - президент АТВТ з іноземними інвестиціями НПК-Холдинг.
З квітня 2006-го - секретар Харківської міської ради. Також в 2006 році Кернес керує виборчою кампанією кандидата на посаду Харківського міського голови Михайла Добкіна.
З березня 2010-го - в.о. міського голови Харкова (після призначення харківського мера Михайла Добкіна головою Харківської обласної державної адміністрації).
Депутат Харківської міської ради трьох скликань (з 1998 року).
У 2006 році був обраний в харківський міськраду за списком Партії регіонів, член ПР. Був активним учасником виборчої кампанії Михайла Добкіна з виборів на посаду міського голови Харкова.
З листопада 2010 року - мер Харкова. Голова Харківської міської організації Партії регіонів.
Восени 2015 року на місцевих виборах переобраний мером Харкова, при цьому перемогу здобув в першому турі, отримавши 65,8% голосів виборців.
На позачергових парламентських виборах 2019 року кандидат в народні депутати від партії Опозиційний блок, № 4 у списку. У підсумку на виборах до ВРУ партія Опозиційний блок не подолала прохідний бар'єр в 5%.
У 2020 році Кернес переміг на місцевих на виборах Харківського міського голови з результатом 60,34% голосів.
28 квітня 2014 року на мера Харкова Геннадія Кернеса було скоєно замах - під час пробіжки він отримав вогнепальне поранення в спину. Лікування проходив в Ізраїлі. Замах пов'язує зі своєю політичною діяльністю.
Після замаху Геннадій Кернес змушений пересуватися в інвалідному візку.
У березні 2014 року проти Кернеса були висунуті звинувачення в незаконному позбавленні волі, катуванні і погрози вбивства активістів харківського євромайдану. Печерський суд Києва частково обмежив йому свободу пересування. Однак засідання суду у справі Кернеса постійно переносяться з різних причин.
Почесний знак голови Харківської обласної державної адміністрації "Слобожанська слава", орденський знак "Слава на вірність Вітчизні" ІІІ ступеня Міжнародного академічного рейтингу популярності та якості товарів і послуг "Золота фортуна", пам'ятна медаль "60 років Курської битви" Національного благодійного фонду "Вічна слава героям" , почесний знак Харківського обласного комітету Міжнародної української спілки ветеранів війни "За активну участь у ветеранському русі" і ін.
16 вересня 2020 Геннадія Кернеса доставили до німецької клініки Шаріте лікувати від COVID-19. 17 грудня Геннадій Кернес помер через ускладнення після коронавируса.
17.12.2020