В 1986 году Ющенко переехал на работу в Киев – заместителем начальника управления кредитования сельского хозяйства агропромышленного комплекса в Украинской республиканской конторе Госбанка СССР. Далее – работа в Агропромбанке СССР.
В 1981 году у Виктора и Светланы Ющенко родилась дочь Виталина, в 1985 году – сын Андрей.
Как экономист и политик, Виктор Ющенко формировался под выразительным воздействием Вадима Гетмана – второго по счету председателя Национального банка Украины. В 1987 году Вадим Гетман возглавил Агропромбанк, и именно тогда пригласил на работу новую команду экономистов. Среди тех, кто был призван Гетманом к работе в его банковской структуре, стоит назвать таких ныне известных экономистов, как Олег Андронов, Александр Киреев, Игорь Митюков и погибший при загадочных обстоятельствах в конце 2004 года Юрий Лях. Одним из таких специалистов оказался и Виктор Ющенко, который в “гетманском” банке возглавил планово-экономическое управление. В декабре 1989 года Ющенко назначают заместителем председателя правления банка. В следующем году украинское отделение Агропромбанка СССР было преобразовано в акционерный коммерческий агропромышленный банк “Украина”. Ющенко и далее сохранил за собой должность заместителя председателя правления банка.
Мария Никитина писала: «Относительно Ющенко… Главный бухгалтер не может быть хорошим политиком. Ему не хватает стратегического мышления. Слишком часто цепляется за детали».
В апреле 1992 года Вадим Гетман делает предложение Виктору Ющенко стать его первым заместителем. Ющенко соглашается. В то время Вадим Гетман возглавляет Национальный банк Украины, и Виктору Ющенко приходится руководить делами банка “Украина”.
В январе 1993 года Вадим Гетман подал в отставку с должности главы Национального банка Украины и сосредоточился на парламентской деятельности. На свой пост он предложил именно Виктора Ющенко. Для многих это было неожиданностью: Ющенко был малоизвестной фигурой в украинском истеблишменте, к тому же Ющенко в то время было только 39 лет…
Олег Рыбачук вспоминает: «Мы гуляли по парку, и Гетман сказал, что есть человек, который может возглавить Нацбанк, но не хочет. Но потом Гетман с Плющом всё же заманили Ющенко в НБУ». По некоторым данным, решение о назначении Ющенко на пост председателя Нацбанка принималось не только Гетманом, но и другими влиятельными банкирами – главой правления «Проминвестбанка» и бывшим председателем Нацбанка Владимиром Матвиенко и министром финансов Украины Григорием Пятаченко. Матвиенко и Пятаченко имели огромное влияние на спикера парламента Ивана Плюща, и именно они убедили Ивана Степановича в том, что Ющенко может быть очень полезен Плющу в его противостоянии с Леонидом Кравчуком.
Ющенко повел себя довольно странно. Получив доверие парламента, он сосредоточился на изучении макроэкономики и даже взял длительный отпуск – “по состоянию здоровья”. До сих пор остается загадкой: на самом ли деле имела место серьезная болезнь Виктора Андреевича, или ему просто необходимо было уединиться, чтобы полностью вникнуть в курс дел Национального банка Украины. Но уже через несколько месяцев народные депутаты, которые забыли, как выглядит Виктор Ющенко, начали роптать: или пусть руководит Национальным банком, или пусть уходит с должности…
Виктор Ющенко появился из тени и включился в работу. Финансовая ситуация в стране тогда была самой тяжелой за все время независимости. За первый год нахождения Виктора Андреевича у руля НБУ ему не удалось поставить ее под контроль – 1993 год стал самым кошмарным в плане инфляции. Рост цен достигал тысяч процентов. Не многим лучше шли дела и в году следующем (хотя инфляцию тогда удалось притормозить).
Избранный в 1994 году президент Украины Леонид Кучма после некоторых колебаний под конец года принял рекомендации Международного валютного фонда по внедрению жесткой монетарной политики ограничения денежной массы для борьбы с инфляцией. Горячим сторонником ее оказался и глава Нацбанка Виктор Ющенко.
Усилиями НБУ, уже в 1995 году инфляция была резко снижена. Стабилизировался и курс украинского карбованца к доллару (последний раз карбованец рухнул в августе 1995 года). В общем, Украина созрела для того, чтобы ввести свою собственную национальную валюту в августе 1996 года. До сих пор, лавры за это весьма успешное мероприятие не могут поделить тогдашний премьер Павел Лазаренко и глава Нацбанка Ющенко. Впрочем, вряд ли денежная реформа оказалась бы такой безболезненной, если бы не согласованные действия и правительства и Нацбанка и политическая поддержка президента.
Леонид Кучма в то время действительно очень активно поддерживал действия молодого главы Нацбанка. Особенно отчетливо это проявилось в следующем, 1997 году, когда подошел к концу срок действия полномочий Ющенко. Против Ющенко активно интриговал Павел Лазаренко, с которым он не сошелся по вопросам внутренней финансовой политики. Но к тому времени, отношения Лазаренко и Кучмы испортились окончательно. Не исключено, что это стало последним аргументом в пользу решения президента оставить Ющенко на своем посту.
Кстати, сам Виктор Андреевич, по словам ближайшего окружения, не собирался оставаться на посту председателя Нацбанка – у него была «сезонная депрессия», связанная, как говорят сведущие люди, и с проблемами в отношениях с ближайшим окружением, и с производственными проблемами, и с проблемами в отношениях с женщинами – первый брак распадался, длительный роман «на стороне» вот-вот должен был оформиться во второй брак…