Народився 22 січня 1974 у м. Сокаль на Львівщині.
У 1998 році закінчив юридичний факультет Львівського національного університету імені Івана Франка за фахом «Правознавство».
Трудову діяльність розпочав вчителем англійської мови і фізичної культури Реклінецької середньої школи Сокальського району Львівської області. Пізніше працював на цегляному заводі Сокальського заводоуправління цегляних заводів.
У 1997—1998 брав участь у навчальній програмі «Помічник голови Комітету Верховної Ради», яку спільно організували Апарат ВР і Асоціація екс-членів Конгресу США. Працював помічником голови Комітету з питань регламенту, депутатської етики і забезпечення діяльності депутатів.
З 1998 року працював помічником-консультантом депутата Романа Зварича (на той час фракція «Народного Руху України»).
З 2000 — працював з депутатом Олександром Задорожнім, на той момент головою Комітету з питань правової політики.
З жовтня 2002 — керівник групи помічників депутата Давида Жванії («Наша Україна»).
З лютого 2004 року А. Магеру тричі обирали членом Центральної виборчої комісії України – у лютому та грудні 2004-го, потім – у червні 2007 року.
З червня 2007 — заступник голови Центральної виборчої комісії.
Зіграв одну з ключових ролей в новітній історії України. Будучи членом Центральної виборчої комісії 24 листопада 2004 не підписав протокол з офіційними результатами виборів Президента України (як і Ярослав Давидович, Руслан Князевич), за яким переможцем був визнаний провладний кандидат на посаду президента Віктор Янукович, як такий, що «не відповідає волевиявленню українського народу».
20 вересня 2018 року Верховна Рада звільнила Андрія Магеру з посади заступника голови Центральної виборчої комісії.
Державний службовець 1-го рангу (квітень 2004).
Потрапив до оновленого списку громадян України, щодо яких вводять спеціальні економічні санкції з боку уряду РФ.
Заслужений юрист України (23 серпня 2005);
Орден «За заслуги» III ступеня (23 серпня 2014).
Одружений, має дочку.
15.02.2023