Народився 24 липня 1957 року в Заамінському районі Джиззацької області Узбекистану.
У 1981 році Мірзійоєв закінчив Ташкентський інститут іригації і меліорації, отримав освіту за спеціальністю «інженер-механік».
З 1981 по 1992 рік Мірзійоєв працював в Ташкентському інституті — спочатку молодшим науковим співробітником, секретарем комсомольської організації, пізніше — парторгом інституту. У тому ж вузі Мірзійоєв отримав ступінь кандидата технічних наук. Найвищою посадою, яку він займав в закладі до 1992 року, стала посада першого проректора.
В 1990 році Мірзійоєва обрали депутатом Верховної Ради Узбекистану, а в 1994 він потрапив і в новий парламент країни.
У 1992 році Мірзійоєв став головою адміністрації Мірзо-Улугбецького району Ташкенту.
У 1996 році указом президента Узбекистану Іслама Карімова Мірзійоєв був призначений хакімом Джиззацької області Узбекистану.
У 1999 році він знову переобраний в Олій Мажліс. Цю посаду Шавкат Мірзійоєв обіймав протягом двох років до переходу на роботу в уряд.
12 грудня 2003 року був призначений прем'єр-міністром Узбекистану. Працюючи на цій посаді, він перетворився на найсильнішого політика республіки. Після смерті першого Президента Узбекистану Іслама Карімова 2 вересня 2016 року експерти вважали Мірзійоєва одним з найбільш ймовірних кандидатів на пост Президента країни.
8 вересня 2016 року спільним засіданням обох палат парламенту його було затверджено тимчасовим виконувачем обов'язків президента Узбекистану.
5 грудня 2016 року Центрвиборчком Узбекистану оголосив про перемогу Шавката Мірзійоєва на президентських виборах з результатом 88,61 % голосів виборців при явці 87,83 %.
У жовтні 2021 року Шавката Мірзійоєва було переобрано президентом Узбекистану. 6 листопада 2021 року відбулася його інавгурація та він вступив на другий термін президентських повноважень.
Одружений. Пара виховала двох дочок та сина.
05.12.2021