Народився 6 червня 1965 с. Церковна Долинського району Івано-Франківської області.
У 1987 році закінчив Тернопільський державний педагогічний інститут.
У 1991 році закінчив аспірантуру в РВПС України НАН України та успішно захистив кандидатську дисертацію.
У 1997 році закінчив докторантуру в РВПС України НАН України та захистив дисертацію на здобуття наукового ступеню доктора економічних наук зі спеціальності "Розміщення продуктивних сил і регіональна економіка".
Доктор економічних наук (1997), професор (2003), член-кореспондент НАН України (2004), академік НАН України (2009), Лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки. Заслужений діяч науки і техніки України.
2004-2007 рр. - працював на посаді голови Ради по вивченню продуктивних сил НАН України.
У 2007–2010 роках займав посаду Міністра економіки України. За час перебування Данилишина на посаді Міністра економіки України країна стала членом Світової організації торгівлі (2008), проведено 19 раундів переговорів щодо зони вільної торгівлі з Європейським Союзом, Європейською асоціацією вільної торгівлі. Міжнародною лігою економістів визнаний найкращим Міністром економіки за роки незалежності України.
У 2013 році обраний Президентом Європейського Інституту економічних та політичних досліджень розвитку країн Центральної та Східної Європи і України (Прага).
У 2014 році повернувся до України. З грудня 2014 року очолює Науково-дослідний інститут регіоналістики, що функціонує у складі єдиного навчально-наукового комплексу Київського національного університету імені Вадима Гетьмана.
З жовтня 2016 року голова ради Національного банку України. 14 листопада 2019 року повторно обраний Головою Ради НБУ.
Став першим із членів колишнього уряду Юлії Тимошенко, проти кого почалися політичні репресії з приходом до влади президента Віктора Януковича.
11 серпня 2010 року Генеральна прокуратура України винесла постанову про оголошення Данилишина у внутрішньодержавний і міжнародний розшук.
Наприкінці листопада того ж року Данилишин попросив у Чехії політичного притулку. 13 січня 2011 року Міністерство внутрішніх справ Чехії задовільнило це прохання, і вже наступного дня Богдана Данилишина випустили на волю за рішенням міського суду Праги.
У травні 2011 року очолив міжнародну неурядову організацію, яка отримала назву «Українська європейська перспектива».
1 березня 2013 року Управління зв'язків з громадськістю Міністерства внутрішніх справ України повідомило, що 12 грудня 2012 року Генеральна прокуратура України припинила кримінальне провадження щодо Богдана Данилишина через відсутність складу злочину, і його знято з міжнародного розшуку
Богдан Михайлович є автором понад 350 наукових праць. Під його науковим керівництвом було розроблено Програму розвитку малих міст України, він брав участь у розробці Концепції державної регіональної політики, Генеральної схеми планування території України, низки нормативно-правових, законодавчих актів з питань розвитку регіонів і територіальних громад, екологічної політики та природно-техногенної безпеки.
Данилишин входить до топ-100 науковців України за даними інформаційно-аналітичної системи «Бібліометрика української науки», що є наукометричною надбудовою над розпорошеними в середовищі Google Scholar бібліометричними профілями учених, які містять інформацію про публікаційну активність і цитованість їх праць.
Заслужений діяч науки і техніки України (2007).
Лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки (2003).
Нагороджений Почесною грамотою Верховної Ради України «За особливі заслуги перед Українським народом» (2004), почесними грамотами Кабінету Міністрів України (2003, 2007), відзнаками міністерств та відомств України.
13.11.2022