Народився 29 червня 1957 в селі Бабарап, Геок-Тепинський район, Ашхабадська область, Туркменська РСР. Належить до текінців (теке) — одного з родів туркменів. Батько — Мялікгули Бердимухамедович Бердимухамедов, народився 1932 року, педагог, історик, працював у системі МВС СРСР, став підполковником. У державі існує певний культ батька президента. Мати — Огулабат-едже Бердимухамедова. Дід, Бердимухамед Аннаєв, був відомим учителем, працював директором школи, під час війни воював на фронті. Гурбангули — єдиний син у сім'ї, але має п'ять сестер.
Гурбангули Бердимухамедов в шкільні та студентські роки активно займався спортом, 1972 року став чемпіоном Ашхабату з класичної боротьби, а 1973 — чемпіоном республіки зі стрільби.
1979 року закінчив стоматологічний факультет Туркменського державного медичного інституту.
У 1987 поїхав до Москви для навчання в аспірантурі, закінчив її в 1990 і здобув ступінь кандидата медичних наук.
З 1979 працював в Ашхабаді лікарем-стоматологом. Трудову діяльність розпочав 1980 року як лікар-стоматолог сільської амбулаторії.
У 1990—1995 обіймав посади асистента кафедри терапевтичної стоматології, доцента й декана стоматологічного факультету Туркменського державного медичного інституту. У 1995 став директором стоматологічного центру Міністерства охорони здоров'я та медичної промисловості Туркменістану.
28 травня 1997 призначений міністром охорони здоров'я та медичної промисловості Туркменістану. Крім того, 1998 року він очолив Міжнародний медичний центр імені Сапармурата Ніязова.
3 квітня 2001 додатково до своєї міністерської посади став віцепрем'єром уряду Туркменістану з питань охорони здоров'я, освіти й науки, а з серпня 2004 став займатися ще й культурою та ЗМІ.
В ніч з 20 на 21 грудня 2006 Ніязов помер від раптової зупинки серця. 21 грудня 2006 Бердимухамедов став тимчасовим виконувачем обов'язків президента Туркменістану. Відповідно до конституції Туркменістану повноваження президента країни повинні були відійти до голови парламенту (Меджлісу), причому він не мав права брати участь в нових виборах, які повинні були відбутися не пізніше чим через два місяці. Проте голова парламенту Овезгельди Атаєв був узятий під варту, а виконувачем обов'язків президента Рада безпеки Туркменістану призначила Бердимухамедова, призначеного ще й головою комісії з організації похорону Ніязова. 23 грудня 2006 року Бердимухамедов звільнив себе з посади міністра охорони здоров'я і медичної промисловості, призначивши виконувачем обов'язків міністра Бяшима Сопієва.
26 грудня 2006 обраний головою з'їзду Народної ради, яка того дня змінила конституцію Туркменістану, прийняла закон про вибори президента, визначила дату президентських виборів і затвердила шістьох кандидатів.
11 лютого 2007 обраний президентом Туркменістану. За офіційними результатами, виборах взяли участь 2,7 млн жителів (98,65 % виборців країни), з яких 89,23 % віддали свої голоси за Бердимухамедова.
4 травня 2007 Меджліс Туркменістану надав президентові Бердимухамедову, верховному головнокомандувачу збройних сил республіки, звання генерала армії. До нього це військове звання в Туркменістані мали тільки Ніязов і два міністри оборони — колишній Данатар Копеков і діючий Агагельди Мамметгельдиєв.
Влітку 2007 здобув вчений ступінь доктора медичних наук і звання професора за фахом «Соціальна гігієна і організація охорони здоров'я». Таке рішення було ухвалене експертною комісією з медичних наук Вищого радого з науки й техніки Туркменістану на підставі багаторічної наукової й практичної діяльності Бердимухамедова.
У серпні 2007 обраний головою Загальнонаціонального руху «Галкиниш» («Відродження») і Демократичної партії Туркменістану.
12 лютого 2012 року Гурбангули Бердимухамедов набрав абсолютну більшість голосів виборців (97,14%) на виборах президента та був визнаний обраним президентом Туркменії.
2 лютого 2017 року втретє переобрано главою держави. За нього дали голос 97,69% виборців.
У лютому 2022 Бердимухамедов повідомив, що планує піти з посади, після чого було призначено дострокові президентські вибори на 12 березня 2022 року.
Це рішення Бердимухамедов обґрунтував бажанням «дати дорогу молодим до державного управління». 14 лютого на позачерговому з'їзді Демократичної партії Туркменістану віце-прем'єр та син президента Сердар Бердимухамедов було висунуто кандидатом на пост глави держави. На виборах, за даними ЦВК Туркменістану, Сердар Бердимухамедов набрав 73% голосів виборців і вступив на посаду 19 березня. Таким чином, уперше в Середній та Південній Азії фактично відбулася передача влади від батька до сина.
Одружений, має сина.
17.06.2022