Народився 8 квітня 1960 року, м.Херсон.
У 1975 році вступив до Херсонського морехідного училища рибної промисловості за спеціальністю «експлуатація суднових силових установок», яке закінчив у 1979 році, набувши освіту технік-судновий механік.
В 1990 році закінчив Севастопольський приладобудівний інститут за спеціальністю «експлуатація суднових силових установок», набувши освіту інженера-судномеханіка.
У 1979 році отримав призначення на роботу до Владивостокської бази тралового та рефрижераторного флоту, де працював на посаді механіка судна до 1982 року.
3 1982 по 1991 рік працював на Херсонському консервному комбінаті на посаді механіка судна цеху водного транспорту.
З 1991 року механік флоту Спілки риболовецьких колгоспів Херсонської області.
З 1993 року до травня 2006 року працював керівником приватного підприємства.
3 червня 2006 року — заступник голови Дніпровської районної ради у м. Херсоні.
Депутат Херсонської міської ради V (2006–2010) та VI (з 2010) скликань.
З травня 2014 року до 27 листопада 2020 року — міський голова Херсона.
Крім того, був секретарем Херсонської міськради та т.в.о. міського голови. Нині в політичній партії не перебуває.
Був учасником Євромайдану. В ті часи, коли питання анексії Криму і російської агресії на сході України було особливо загострене, місто Херсон стало тимчасово стратегічно прикордонним містом. І Володимир Миколаєнко, бувши Херсонським міським головою, жорстко висловився щодо заборони провокацій у місті та неприпустимості окупації міста терористичними угрупованнями: «Ни местных сепаратистов, ни приезжих актеров сепаратного жанра мы встречать хлебом-солью НЕ будем. Если потребуется – будем стрелять на поражение. Все предупреждены и понимают серьезность ситуации».
Одружений, має доньку.
16.11.2022