Народився 21 лютого 1956 року у Воркуті у багатодітній українській родині.
1979 року закінчив Київський медичний інститут (спеціалізація - хірургія). 1983-го пройшов клінічну ординатуру в НДІ Інституту серцево-судинної хірургії. 1997 року захистив кандидатську дисертацію, 2002-го - докторську. Автор понад 70 наукових праць з кардіохірургії.
Після одержання ліцензії на ведення медичної практики в Австралії, Канаді та Франції з 1993 по 1998 роки працював дитячим кардіохірургом у головних центрах кардіохірургії цих країн.
1993-го - резидент-кардіохірург в Children's Hospital (Сідней, Австралія), 1994-го - штатний кардіохірург в Hospital for Sick Children (Торонто, Канада), 1996-го - штатний кардіохірург в Royal Children's Hospital (Мель ), 1998-го - штатний кардіохірург в Hospital J. Cartier (Париж, Франція).
Ємець першим в Україні почав успішно оперувати новонароджених зі складними вадами серця, впроваджувати у практику пластичні операції на клапанах серця без використання штучних протезів.
З 1997 року – керівник центру дитячої кардіохірургії Інституту серцево-судинної хірургії АМН України (Київ).
2003-го очолив Науково-практичний медичний центр дитячої кардіології та кардіохірургії МОЗ України.
21 грудня 2010 року указом президента Віктора Януковича призначено міністром охорони здоров'я України (змінив на посаді відправленого того ж дня у відставку Зіновія Митника). 17 травня 2011-го відправлено у відставку (оголошена президентом причина – відсутність реформ у довіреній сфері).
4 березня 2020 року Верховна Рада затвердила новий склад Кабінету міністрів, Ілля Ємець призначений міністром охорони здоров'я України.
30 березня 2020 року Верховна Рада звільнила Іллю Ємця з посади міністра охорони здоров'я.
Заслужений лікар України (1993).
З 1992 року був засновником клубу Rotary International у Києві, у якому очолював медичну гуманітарну програму. 1993-го став засновником та президентом міжнародного благодійного фонду Дитяче серце, який сприяє допомозі дітям із вродженими вадами серця.
30.03.2020