Принимал участие в событиях сентября-октября 1993 года в Москве на стороне Верховного совета РФ, противостоявшего президенту Борису Ельцину в составе одной из боевых групп, где, по его словам, был «не самым главным, но и не самым рядовым».
В 1994 году окончил философский факультет Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова и позже — аспирантуру, во время обучения в которой специализировался по социальной философии, занимался проблемами этнических конфликтов и теорией элит.
С июня 1994 года, работая военным корреспондентом РИА Новости, освещал первую чеченскую войну, снимал телевизионные репортажи для НТВ, ОРТ.
С 1996 года постоянный автор статей в газете «Завтра», а с 1997 года был военным обозревателем.
С марта по ноябрь 1998 года являлся советником по инвестициям в медиасферу председателя Круглого стола бизнеса России Геннадия Гафарова, при этом с июня 1998 года в основном работал как независимый PR-консультант. Участвовал в более чем десяти избирательных кампаниях разного уровня.
В августе 1999 года специальные корреспонденты газеты «Завтра» Александр Бородай и Игорь Стрелков вместе с бойцами спецназа МВД побывали в Кадарской зоне в Дагестане c целью посещения нескольких сёл, где проживали ваххабиты. В этом издании Бородай регулярно публикуется с 1996 года. Тематика его материалов — межнациональные отношения в странах бывшего СССР, армия, ситуация в Чечне и на Северном Кавказе.
В 2001—2002 годах занимал должность заместителя главного редактора журнала «Русский предприниматель».
С 2001 года Александр Бородай является соучредителем и генеральным директором консалтингового агентства «Социомастер», какое-то время успел поработать замглавредактора журнала «Русский предприниматель». Длительный период времени Бородай в качестве консультанта сотрудничал с предпринимателем Константином Малофеевым (совладельцем «Ростелекома»), являлся представителем инвестиционного фонда Marshall Capital. На протяжении 15 последних лет Александр Бородай вплотную занимается политологией.
По данным базы данных СПАРК, наряду с Дмитрием Бочкарёвым и Владимиром Чехимовым является учредителем ООО «Фуд Сервис Плюс», зарегистрированного 10 января 2014 года, занимающейся ресторанным бизнесом.
С марта 2014 года — советник премьера Крыма Сергея Аксенова.
Затем он, как и его друг и соратник Игорь Стрелков, стал одним из лидеров ополчения на юго-востоке Украины.
16 мая 2014 года на 3-й сессии Верховного Совета Донецкой Народной Республики был утверждён председателем Совета министров ДНР.
На пресс-конференции 17 мая 2014 года в Донецке Бородай заявил, что власти Донецкой Народной Республики готовят запрос в МИД РФ с просьбой о вхождении в состав России или размещении российских военных баз на её территории, а также рассказал о подготовке объединения Луганской и Донецкой народных республик. Кроме того, он заявил, что как частное лицо принимал участие в присоединении Крыма к России, и что в Донецке, Луганске и Крыму работает одна команда.
Служба безопасности Украины объявила Бородая в розыск по подозрению в создании террористической группы или террористической организации (ст. 258-3, УК У).
7 августа 2014 года по собственному желанию подал в отставку с поста председателя Совета министров ДНР.
8 августа он был утвержден генеральным советником председателя совета министров ДНР в ранге первого вице-премьера.
06.05.2015