Суд по тяжким военным преступлениям Азербайджана признал его виновным в государственной измене и приговорил к 12 годам лишения свободы.
Судебный процесс проходил в закрытом режиме. По данным следствия, Р.Алиханов был завербован спецслужбами России в середине 90-х годов. Он передавал информацию о военном потенциале Азербайджана, объектах инфраструктуры и местах дислокации войск вооруженных сил страны.
Находясь на службе в Гянджинском аэропорту, Р.Алиханов также предоставлял информацию о проходящих через аэропорт боеприпасах и военной технике.
В последние годы в Азербайджане было осуждено около десятка человек по обвинению в сотрудничестве с российскими спецслужбами. Самым громким делом стало разоблачение в 2008 году группы офицеров во главе с руководителем службы безопасности аэропорта Баку Эмином Сулеймановым, который был приговорен к 15 годам лишения свободы.