Народився 19 грудня 1958 року в місті Агіос-Ніколаос на острові Крит.
Закінчив середню школу в Іракліоні, а також академію в Іракліоні зі ступенем бакалавра.
У 1979-1984 роках вивчав філософію в Паризькому католицькому інституті та богослов'я у Свято-Сергіївському богословському інституті. 1981 року стажувався в Інституті східних церков у Регенсбурзі.
У 1984 році продовжив своє навчання у Практичній школі вищих досліджень, Інституті вищих екуменічних досліджень у Парижі та на факультеті науки та історії Релігії Сорбонни. В 1985 отримав диплом Магістра перспективних досліджень Університету Сорбонни.
Окрім грецької, вільно володіє французькою та англійською мовами, знає німецьку та італійську.
У 1985 році був висвячений у сан диякона та ієрея. Служив у клірі Бельгійської митрополії.
У 1986 році вступив до аспірантури Богословської школи Святого Хреста в Бостоні, де в 1987 році отримав ступінь магістра богослов'я.
У 1987 повернувся до Європи, після чого до 1996 виконував обов'язки протосинкелла Бельгійської митрополії. Водночас служив настоятелем церкви Архангелів Михайла та Гавриїла у Брюсселі та викладав православ'я у Європейській школі у Люксембурзі та Брюсселі.
1992 року призначений представником Константинопольського Патріархату в комісії "Церква і суспільство" Конференції Європейських Церков (КЄЦ).
У 1995 році був зведений у сан архімандрита і призначений представником Константинопольського патріархату при Європейському союзі в Брюсселі. Неодноразово привертав увагу європарламентаріїв до утиску прав Константинопольського патріархату на території Туреччини.
11 грудня 1996 року в Брюсселі висвячений на сан титулярного єпископа Ригійського, вікарія Бельгійської митрополії.
2001 року Константинопольський Патріархат доручив йому обов'язки щодо ведення Міжнародного міжрелігійного діалогу з монотеїстичними релігіями.
20 січня 2003 року єпископ Єммануїл був зведений у гідність митрополита і призначений керуючим Галльською митрополією зі збереженням за ним посади директора Бюро Православної Церкви при Європейському Союзі. Крім того, йому було доручено діалог з орієнтальними (нехалкидонкими) церквами.
З 2009 року очолює Конференцію європейських церков , голова Асамблеї православних єпископів Франції . Як голова Конференції православних єпископів є першим архієреєм Франції.
16 січня 2013 року, у зв'язку з відходом на спокій архієпископа Команського Гавриїла, призначений місцеблюстителем Західноєвропейського екзархату Константинопольського патріархату.
У липні 2013 року очолив делегацію Константинопольського патріархату на святкуваннях 1025-річчя Хрещення Русі.
17 серпня 2014 року очолив делегацію Константинопольського патріархату на інтронізації новообраного предстоятеля УПЦ митрополита Онуфрія у Києві. Однак не брав участь у богослужінні (не послужив), що пов'язують із його незадоволеністю наданим йому місцем серед ієрархів.
У лютому 2015 року серед 10 інших кліриків Константинопольського патріархату отримав турецьке громадянство, що дозволяє брати участь у виборах Патріарха Константинопольського. У Константинопольській патріархії не уточнили, чи довелося їм під час отримання турецького громадянства відмовитися від грецьких паспортів.
Крім грецької вільно розмовляє французькою та англійською мовами, і знає німецьку та італійську.
15 грудня 2018 року головував на Об'єднавчому соборі у Києві, на якому було створено Православну церкву України.
Синодом Вселенського Патріархату 16 лютого 2021 року митрополит Еммануїл обраний старцем-митрополитом Халкідонським. 20 березня відбулась інтронізація за участі архієпископа Євстратія (Зорі), дипломатів із України: Андрія Сибіги, Олександра Гамана. У травні 2021 року зустрівся із Керівником ОП України Андрієм Єрмаком і Митрополитом Епіфанієм (Думенком) та обговорив з ними питання візиту в Україну на 30-ту річницю Незалежності Вселенського патріарха Варфоломія.
Кавалер ордена Почесного легіону (2010, Франція). Великий командор ордену Пошани (14 листопада 2011 року, Греція).
Орден "За заслуги" І ступеня (Україна, 27 липня 2013 року) – за значний особистий внесок у розвиток духовності, багаторічну плідну церковну діяльність та з нагоди святкування в Україні 1025-річчя Хрещення Київської Русі.
12.12.2021