Народився 1 серпня 1949 року в селі Масадан Сузакського району Джалал-Абадської області.
Закінчив Куйбишевський політехнічний інститут.
До розпаду СРСР займав різні партійні і адміністративні посади — після роботи на заводах в Росії (у Куйбишеві) і в Киргизстані був призначений першим секретарем Кок-Янгакського міськкому КПРС, працював головою міськради народних депутатів.
У 1991 році Бакієв обійняв посаду заступника голови Джалалабадської обласної Ради народних депутатів, у 1992 році був призначений головою державної адміністрації Тогуз-Тороузського району Джалалабадської області.
У 1994 році Бакієв став заступником голови Фонду державного майна Республіки Киргизстан, першим заступником голови Джалалабадської облдержадміністрації.
У квітні 1997 року Бакієв став губернатором — главою Чуйської обласної державної адміністрації.
Від грудня 2000 до травня 2002 року Бакієв був прем'єр-міністром Республіки Киргизстан.
У жовтні 2002 року Бакієв був вибраний депутатом Законодавчих зборів (Жогорку Кенеш) Республіки Киргизстан. У лютому 2003 року увійшов до складу центристської депутатської групи «Регіони Киргизстану». У 2004 році Бакієв був вибраний головою Центральної ради об'єднання політичних сил «Народний рух Киргизстану» (НДК).
У березні 2005 року в ході чергових парламентських виборів, підсумки яких опозиція на чолі з Бакієвим не визнала, в Киргизстані відбулася «Тюльпанова революція». Президент країни Аскар Акаєв (що представляв владу мешканців півночі), був вимушений втекти до Казахстану. Після відставки Акаєва Верховний суд відмінив підсумки виборів в Жогорку Кенеш третього скликання, і Жогорку Кенеш другого скликання вибрав Бакієва головою уряду і тимчасовим президентом. 10 липня 2005 року Бакієв був вибраний президентом Республіки Киргизстан.
Наслідком «Тюльпанової революції» став компроміс з іншим лідером опозиції, Феліксом Куловим, про розподіл впливу і посад. Але таке двовладдя було тактичним і згідно зі східними традиціями не могло тривати довго.
У лютому - березні 2005 року в Киргизії відбулися чергові парламентські вибори, які були визнані нечесними, що призвело до народного невдоволення, різкого загострення становища в країні та повалення існуючого режиму. Президент Киргизії Аскар Акаєв залишив країну разом із усією родиною та отримав тимчасовий притулок у Росії. Влада перейшла до рук різнорідної опозиції. Відразу після цього серед переможців почалися внутрішні розбіжності та конфлікти. Через деякий час Аскар Акаєв в результаті переговорів з представниками опозиції підписав заяву про звільнення з президентської посади. В результаті проведених дострокових виборів президентом було обрано одного з керівників опозиції Бакієва.
23 липня 2009 р. Бакієва переобрано на другий президентський термін.
У квітні 2010 року після тривалих заворушень подав у відставку й емігрував із Киргизстану, оселившись у Білорусі. Через два роки з'явилася інформація про набуття Бакієвим білоруського громадянства, яку сам Баків згодом і підтвердив. 12 лютого 2013 року в Киргизстані Бакієва було визнано винним «зловживанні службовими повноваженнями» й заочно засуджено до 24 років у колонії суворого режиму.
5 квітня 2014 року Курманбека Бакієва засудили до 25 років позбавлення волі за організацію замаху на життя британського бізнесмена Шона Дейлі. Цей вердикт виніс Першотравневий районний суд Бішкека.
У липні 2021 року оголошений у розшук – його звинувачують у корупції при розробці золоторудного родовища Кумтор.
Бакієв одружений (його дружина — Тетяна Василівна Бакієва). У сім'ї Бакієвих двоє дітей.
03.02.2022