Народився 6 березня 1947, Братушани, Молдовська РСР, нині — Єдинецький район, Молдова.
1970 року закінчив фізичний факультет Львівського державного університету ім.І.Франка. 1974-го захистив кандидатську дисертацію, 1980-го - докторську.
У 1973-1978 роках Вакарчук – молодший науковий співробітник інституту теоретичної фізики АН УРСР (Львівського відділення).
У 1978-1980 pp. - старший науковий співробітник там же.
У 1980-1984 pp. очолював відділення квантової статистики Львівського відділу статистичної теорії конденсованого стану інституту теоретичної фізики АН УРСР (Львівського відділення).
З 1984 по 1990 р. – професор кафедри теоретичної фізики Львівського університету ім.І.Франка.
1990-го обраний депутатом Верховної Ради СРСР. Двічі (1990 та 2001 рр.) обирався ректором Львівського держуніверситету.
1991-го Вакарчука обирають президентом Малої академії наук Львівщини. 1996-го він стає засновником та головним редактором Журналу фізичних досліджень та журналу Світ фізики. Того ж року керівника держуніверситету колеги обирають головою ради ректорів Львівщини.
У рік переобрання на посаду ректора Львівського університету ім.Франка Вакарчука стає і президентом Українського фізичного товариства.
18 грудня 2007-го обрано на посаду міністра освіти та науки України в коаліційному уряді Юлії Тимошенко за квотою блоку Наша Україна – Народна самооборона (НУНС). Змінив на посаді соціаліста Станіслава Ніколаєнка. Втратив пост у зв'язку з відставкою Кабміну після перемоги на президентських виборах Віктора Януковича.
З 2010 до 2013 року був ректором Львівського університету.
Іван Вакарчук помер 4 квітня 2020 року на 74-му році життя.
Дружина – Світлана Олександрівна – була викладачем фізики, доцентом Львівської національної академії ветеринарної медицини ім. С. Гжицького.
Син Святослав Вакарчук – фронтмен популярного гурту "Океан Ельзи", народний депутат України (до 2008 р. та з 2019 р. і до 2020 р.).
Син Олег (1980 р.н.) – банківський працівник.
04.01.2022