Народився 21 жовтня 1959 у селі Забріддя Черняхівського району Житомирської області.
Закінчив Київський державний університет ім. Т. Г. Шевченка, 1983 р., історик, викладач історії та суспільствознавства.
З 2001 — Доктор історичних наук
З 2003 — професор.
1983-1987 рр. – асистент кафедри історії СРСР та УРСР, секретар комітету комсомолу Кіровоградського педагогічного інституту.
З 1987 - аспірант історичного факультету Київського університету ім.Т.Шевченка.
1990-1998 рр. – старший викладач, завкафедри історії України, декан факультету іноземних мов, доцент кафедри історії України Кіровоградського державного педінституту.
1998-2000 рр. - співробітник відділу нацменшин Інституту політичних та етнонаціональних досліджень НАН України.
У 1999-2000 pp. Рафальський очолював партію Демократичний союз. Двічі – у 2002 та 2006 роках – безуспішно балотувався у народні депутати України. 2002-му - за списком блоку Демократичної партії України та Демократичного союзу. 2006-му - за №26 списку "Опозиційного блоку НЕ ТАК!", будучи членом Республіканської партії України. "Базовим елементом" блоку стала СДПУ(о). У першу десятку входили перший президент України Леонід Кравчук (№1), на той момент лідер об'єднаних "есдеків" Віктор Медведчук, його заступники з партії Нестор Шуфрич та Михайло Папієв, голова Республіканської партії Юрій Бойко. Результат блоку - 1,01% відсотка голосів виборців за необхідних 3% (11-те місце у "загальному заліку").
З 2003-го – керівник головного управління з питань внутрішньої політики Адміністрації президента України Леоніда Кучми (головою адміністрації був Віктор Медведчук).
2006-2007 рр. - заступник керівника апарату прем'єр-міністра України Віктора Януковича (керівником апарату був Сергій Льовочкін).
2008-2010 рр. – співробітник апарату Верховної Ради України, перший заступник керівника секретаріату парламентської фракції Партії регіонів.
У березні 2010-го указом президента Януковича призначений заступником глави Адміністрації президента України – керівником Головного управління документального забезпечення (глава адміністрації – Льовочкін). 5 квітня 2011 р. у ході адмінреформи був позбавлений посади в управлінні, проте залишився одним із трьох заступників голови АП.
Взимку 2014 року після втечі з країни Януковича указом в.о. президента Олександра Турчинова Рафальського призначено в.о. глави Адміністрації президента. Незабаром після цього був переведений до заступників, а його місце зайняв Сергій Пашинський. 10 червня 2014 р. президент Петро Порошенко своїм указом закріпив за Рафальським посаду заступника голови АП.
27 жовтня 2014 р. Рафальського було звільнено указом президента з формулюванням - "за власним бажанням згідно із заявою, поданою ним до набрання чинності законом України "Про очищення влади".
З 2014 по 2026 - директор Інституту політичних та етнонаціональних досліджень ім. І.Ф.Кураса НАН України. Член-кореспондент НАН України.
З жовтня 2020 року - віцепрезидент НАН України.
Дружина Валентина (1960 р.н.), сини Олег (1983 р.н.) та Євген, дочка Вікторія (2001 р.н.).
10.06.2024