Степанова уволилась еще в середине лета по собственному желанию, так как собиралась на пенсию, сообщил бывший чиновник Минобороны газете "Ведомости". Впрочем, другой источник издания в том же ведомстве объяснил уход чиновницы психологическим давлением на нее в связи с делом Магнитского, который был одним из тех, кто обвинял Степанову в хищении средств из госбюджета путем незаконного возврата налога на прибыль, уплаченного компаниями, которыми управлял фонд Hermitage.
Российские правоохранители тогда обвинили в хищении этих средств самого Магнитского. В июне 2007 года в отношении представителей Hermitage началось уголовное преследование.
37-летний юрист инвестиционного фонда Hermitage Capital Cергей Магнитский был арестован в ноябре 2009 года по обвинению в организации и пособничестве в уклонении от уплаты налогов в особо крупном размере (ст. 199 УК РФ). В том же месяце Магнитский скончался в московском СИЗО. Его смерть вызвала широкий общественный резонанс, причем как в России, так и за рубежом.
По данным Генпрокуратуры, смерть 37-летнего Магнитского наступила от сердечно-сосудистой недостаточности. СКП РФ возбудил по факту смерти Магнитского уголовное дело по ст. 124 (неоказание помощи больному) и ст. 293 (халатность) УК РФ.