Народився 31 травня 1965 року в селі Довжок, Ямпільського району Вінницької області.
За освітою інженер-будівельник, закінчив Одеський інженерно-будівельний інститут за спеціальністю «Водопостачання та водовідведення».
Здобув ступінь магістра державного управління в Одеському регіональному інституті державного управління.
Перше місце роботи — майстер житлового фонду Ямпільського комбінату комунальних підприємств.
1990 року очолив Ямпільське підприємство водопровідно-каналізаційного господарства.
З 2001 року — начальник обласного комунального виробничого підприємства водопровідно-каналізаційного господарства «Вінницяводоканал». У період 2008—2011 років займав посаду заступника міського голови Вінниці.
З липня 2011 року по жовтень 2014 року — перший заступник Вінницького міського голови.
13 жовтня 2014 року розпорядженням Кабінету Міністрів України призначений на посаду першого заступника Міністра регіонального розвитку, будівництва та житлово-комунального господарства. Звільнений з посади першого заступника міністра 4 червня 2015 р. у зв’язку з переходом на іншу роботу.
14 квітня 2016 року Верховна Рада України призначила новий склад Кабінету Міністрів України (уряд Гройсмана), у якому Володимир Кістіон обійняв посаду віце-прем'єр-міністра України. 18 квітня 2016 року Кабінет Міністрів України визначив віце-прем'єр-міністра Володимира Кістіона відповідальним за енергетику, екологію і використання надр.
20 листопада 2020 року Володимира Кістіона обрано першим заступником голови Вінницької обласної ради.
Одружений, має сина.
02.09.2021