Народився 15 січня 1973 року у Селидовому Донецької області.
У 1997 році закінчив Приазовський державний технічний університет (Маріуполь). У 2001-му – Донецький національний університет (кваліфікація – економіст). Кандидат економічних наук.
1995-1996 рр. - товарознавець ТОВ "Будівельник".
Лютий – вересень 1997 року – консультант заступника та радник голови Донецької облдержадміністрації.
З вересня 1997 року по лютий 1999 року – президент Фонду соціального розвитку виробничих сил Донецької області.
Лютий – травень 1999-го – перший заступник директора дирекції банку "Україна" в Донецькій області.
З травня 1999 по травень 2001 року – президент Асоціації фінансових, промислових та торгових підприємств Донецький розрахунково-фінансовий центр.
У 1998-2002 pp. та 2002-2006 рр. був депутатом Донецької облради двох скликань.
З травня 2001 по квітень 2002 року – заступник голови Донецької облради. У квітні – грудні 2002 рр. - заступник голови Донецької облдержадміністрації Віктора Януковича.
Після призначення донецького губернатора прем’єр-міністром України Прутнік став радником голови Кабміну. Обіймав цю посаду до січня 2005-го.
З травня 2005 по квітень 2006 року – голова правління громадської організації Експертно-аналітичний центр Соціум.
У березні 2006 року було обрано народним депутатом України V скликання за списком Партії регіонів. У вересні 2006-го, невдовзі після створення правлячої коаліції у складі ПР, Соцпартії та Компартії, Прутнік отримав пост голови Державного комітету телебачення та радіомовлення України.
2007-2012 рр. – народний депутат України VI скликання від Партії регіонів. Член Комітету Верховної Ради з питань свободи слова та інформації.
За повідомленнями ЗМІ, під повним чи частковим контролем Прутніка перебували такі компанії, як Східпромінвест, Східдавтотранс, Укрбізнесбанк, Донбассінвестпром, Схід-Інвестпром, Центральна збагачувальна фабрика Калінінська. Раніше з його ім'ям пов'язували телеканал НТН.
У 2008 році політик уперше потрапив до рейтингів вітчизняних топбагатіїв. У лютому журнал Фокус нарахував у ексглави Держкомтелерадіо $520 млн і поставив його на 52 сходинку свого рейтингу "130 найбагатших людей України". Декількома місяцями пізніше видання Кореспондент оцінило статки Прутніка в $360 млн, з якими той посів 46-е місце в "Топ-50 найбагатших українців". За версією Forbes, політик на 2014 має $65 млн.
Веде спільний бізнес із Віталієм Гайдуком, колишнім співвласником корпорації ІСД. У дружніх стосунках з ексглавою Адміністрації президента Сергієм Льовочкіним - Прутнік став хрещеним його сина Олексія.
З Іллею Ноябрьовим та Володимиром Хорунжим є співзасновником кінокомпанії Spotlight Entertainment.
Едуард Прутнік є засновником групи компаній, що входять до UVERCON Investment Limited, а також MEDOK Group.
Голова правління міжнародного фонду "Єдиний світ", створений з його ініціативи у квітні 2008 року.
Одружений. Дружина Оксана Прутнік (1968 р.н.) свого часу працювала заступником керівника з соціальних питань Асоціації фінансових, промислових та торгових підприємств Донецького розрахунково-фінансового центру. У шлюбі з нею народилося троє дітей: двоє синів – Кирило і Данило, а також дочка Марія.
Прутнік володіє сироварнею в Артемівському районі Донецької області – для нього це не лише бізнес, а й хобі. Колекціонує картини. Соціоінженерія.
07.10.2015