Народився 30 квітня 1959 року, Торонто.
Стівен відвідував Нортлейську школу, а потім середню школу Джона Г. Алтхауса та Інститутський коледж Річв'ю, обидва у Центральному Етобіко. Закінчивши школу в 1978 році, Харпер вступив до Університету Торонто, але кинув його після двох місяців навчання. Потім він переїхав до Едмонтона, провінція Альберта, де знайшов роботу в поштовій службі в готелі Imperial Oil. Пізніше він працював у комп'ютерному сервісі компанії. Потім вступив до Університету Калгарі, де отримав ступінь бакалавра в галузі економіки. Пізніше він повернувся туди, щоб здобути ступінь магістра з економіки в 1993 році. Харпер зберіг тісні зв'язки з Університетом Калгарі та часто читає там лекції.
1985 р. - початок політичної кар'єри як помічник члена Палати громад Канади від Прогресивно-консервативної партії Дж. Хокса. У 1987 році став одним із засновників Канадської партії реформ. У 1988 р. працював помічником члена Палати громад від Партії реформ Д. Грей. У 1993 році був обраний до Палати громад. 1997 року Харпер перервав парламентську діяльність і обійняв пост Президента Національної коаліції громадян — громадської організації, яка займалася захистом фундаментальних політичних та економічних свобод канадців.
З 2002 р. – депутат Палати громад та лідер консервативно-реформістської Канадської спілки. У цьому ролі до кінця 2003 року був керівником «офіційної опозиції». 20 березня 2004 року обраний лідером об'єднаної Консервативної партії Канади та лідером опозиції у Палаті громад.
23 січня 2006 року на парламентських виборах Консервативна партія Канади посіла перше місце (124 місця в Парламенті з 308-ї). І хоча жодній партії, зокрема Консервативній, не вдалося зайняти більшість депутатських крісел як лідера партії, яка отримала відносну більшість голосів виборців, Харпера 6 лютого 2006 року було призначено прем'єр-міністром Канади.
20 жовтня 2015 року оголосив про свій відхід у відставку, оскільки Консервативна партія Канади програла вибори до парламенту Канади.
Після поразки на парламентських виборах 2015 року Харпер подав у відставку з посади прем'єр-міністра та лідера Консервативної партії. У серпні 2016 року пішов із політики, достроково подавши у відставку з поста депутата парламенту.
З 21 лютого 2018 року – Голова Міжнародного демократичного союзу.
Одружений із 1991 року. Має сина та доньку.
09.02.2018