Имеет высшее медицинское образование. В 1981 году окончил лечебный факультет Киевского государственного медицинского института им. Академика Богомольца по специальности «анестизиолог-реаниматор».
С 1989 года являлся организатором и главным врачом медико-санитарной части строительно-монтажного треста N 1 в Шевченковском районе Киева (с 1997 - ЗАО «Медицинский комплекс «Сырец»).
С 1997 по 2005 год являлся гендиректором ЗАО «Медицинский комплекс «Сырец».
В 2000 году на базе медицинского комплекса «Сырец» Ханенко создал Медицинский центр «Семейный стоматолог».
С 2004 по 2005 год являлся координатором медицинского предвыборного проекта кандидата в Президенты Виктора Ющенко.
С марта по октябрь 2005 года работал первым заместителем министра здравоохранения.
В 2007 году создает и возглавляет Частное предприятие «Институт стратегического развития системы здравоохранения Украины».
В 2007 году вышел из состава «Нашей Украины» и сложил мандат депутата Шевченковского районного совета в Киеве. К слову, Ханенко был депутатом Шевченковского райсовета ІІІ, IV, V созывов.
С 2009 года является членом Всеукраинского объединения «Свобода». Кроме того, был назначен председателем Киевской областной организации ВО «Свобода».
На местных выборах 2010 года Ханенко становится депутатом Киевского облсовета. Кроме этого, он продолжает являться генеральным директором ЧАО Медицинский комплекс «Сырец».
На парламентских выборах 2012 года был избран по спискам ВО «Свобода», №24 в партийном списке.
При этом Ханенко принадлежит Nissan X-trial 2011 года выпуска.
В начале марта 2014 медики-волонтеры дали пресс-конференцию, где рассказали о собственном расследовании. Они сообщили, что обнаружили два состава, один из которых был обнаружен в медицинском центре «Сырец», генеральным директором которого был до избрания нардепом был Святослав Михайлович Ханенко, а ныне заведением руководит его жена, Татьяна Ханенко. Медики заявили, что лекарства и оборудование, найденные на складе, начали туда свозить еще в январе месяце после начала столкновений на улице Грушевского. Руководство медслужбы объясняло такие свои действия тем, что пыталось предотвратить захват препаратов силовиками. Но вместе с тем медики свидетельствуют, что было невозможно получить медпрепараты из этих складов, когда они были необходимы раненым.
Медики обвиняли руководство медслужбы в частности С. Ханенко в том, что оборудование и лекарства, которые прятали на складах, могли спасти людям жизнь и здоровье, если бы были в то время под рукой. На так называемые «дальние склады» вывозились лекарства даже из Михайловского монастыря, куда во время февральских боев приносили раненых. На самом деле так называемых «дальних складов» было больше пяти, и где эти склады пока не выяснено.
Это не единственный скандал, связанный с главным медиком Майдана во время революционных событий.
Недавно поступила информация, что примерно во время февральских событий на Майдане, главврач приобрел себе недешевую недвижимость в селе Дмитровка Киево-Святошинского района Киевской области. Еще недостроенный особняк риелторы оценивают приблизительно в два миллиона гривен. Работающие над новостройкой рабочие подтвердили, что дом купил народный депутат Святослав Ханенко.
Собранные для Майдана медикаменты свалены на складах на окраинах Киева, - медики-волонтеры
28.08.2014