На территории Лавры под землей сохранились винные погреба, гидротехнические сооружения, подвалы, в которых монахи хранили продукты, а также подземные ходы на случай осады. Лаврская колокольня, Успенский собор, Троицкая церковь – под этими сооружениями были свои подземелья.
Во времена СССР их засыпали песком, сейчас же ученые и сотрудники заповедника исследуют старинные ходы, очищают их и даже готовы показать часть туристам, но на обустройство нет денег. Возраст подземных келий – от ХІ века до 1912 года.