Народився в Кіровоградській області у 1978 році.
2000 року закінчив Інститут танкових військ Харківського державного політехнічного університету, 2012 — Командно-штабний інститут застосування військ (сил) Національного університету оборони України (обидва — з відзнаками), Національний університет «Острозька академія» за спеціальністю «Міжнародні відносини, громадські комунікації та регіональні студії» та Воєнний коледж армії США.
Пройшов військову кар’єру від командира танкового взводу до командира 59-ї окремої мотопіхотної бригади імені Якова Гандзюка.
Станом на 2022 рік начальник Головного управління військового співробітництва Збройних сил України.
20 червня 2023 року увійшов до складу Комісії з питань координації євроатлантичної інтеграції України.
Станом на весну 2024 року- командувач ОСУВ «Таврія».
16 квітня 2024 року призначений командувачем військ оперативного командування «Південь», звільнений 4 лютого 2025 року. Президент Володимир Зеленський заявив, що бригадний генерал Геннадій Шаповалов працюватиме з партнерами у Вісбадені де розташоване командування НАТО з надання допомоги та тренувань для України NSATU, його завдання – координація безпекової допомоги Україні.
19 червня 2025 року Президент України призначив Геннадя Шаповалова командувачем Сухопутних військ ЗСУ.
медаль «За військову службу Україні» (5 грудня 2017) — за особистий внесок у зміцнення обороноздатності Української держави, мужність і самовіддані дії, виявлені у захисті державного суверенітету та територіальної цілісності України, зразкове виконання військового обов'язку.
бригадний генерал (26 березня 2022),
полковник.
19.06.2025