Народився 24 травня 1962 року, у місті Соколів у Чехословаччині.
У 1981 році закінчив філософський факультет Карлового університету, в 1986 році закінчив МДІМВ. Вільно володіє англійською та російською мовами.
Працював у департаменті зв'язків із ООН міністерства закордонних справ Чехословаччини; брав участь у програмі ООН із роззброєння.
У 1982-1989 pp. був членом Комуністичної партії Чехословаччини. З 1989 року і до сьогодні в Чеській соціал-демократичній партії.
У 1990-1995 pp. Штефан Фюле був першим секретарем чехословацької (потім - чеської) делегації в ООН.
У 1995-1996 pp. очолював департамент зв'язків із ООН міністерства закордонних справ Чехії, у 1996-1998 рр. - Департамент політики безпеки там же.
У 1998-2001 pp. Штефан Фюле був послом Чехії у Литві.
У 2003-2005 роках. - послом у Великій Британії.
У 2005-2009 роках. - Постійним представником Чехії при НАТО.
У 2001-2002 роках. Штефан Фюле був заступником Міністра оборони.
У травні – листопаді 2009 року обіймав посаду міністра у європейських справах.
З 9 лютого 2010 року по 31 жовтня 2014 року – європейський комісар з питань розширення та політики добросусідства. Увійшов до другого складу Єврокомісії під проводом Жозе Мануела Баррозу. Таким чином, він змінив Володимира Шпідлу як представник Чехії в Єврокомісії. У 2014 році Штефана Фюле змінив австрієць Йоханнес Хан.
Одружений, є троє дітей (дві доньки та син).
02.04.2015