Народився 2 листопада 1963, Постойна, Югославія.
Закінчив соціологічний факультет Люблянського університету у 1987 році. Крім рідної словенської мови, вільно розмовляє англійською, французькою, італійською, сербською та хорватською мовами.
Борут Пахор із молодості цікавився політикою, у школі та університеті був активістом комсомолу. У 1989 став одним із засновників нового демократичного руху в Словенії, що ставив своєю метою боротьбу з монополізацією політичного життя в союзній республіці Союзом комуністів Югославії.
У 1990 році вперше був обраний до словенського парламенту. До кінця 1990-х років Пахор став одним із найпомітніших лідерів лівоцентристського крила словенської політики.
У 2000 році партія Пахора увійшла до правлячої коаліції, очолюваної прем'єр-міністром і лідером лібералів Янезом Дрновшеком. Пахор був обраний головою Національної асамблеї (нижньої палати) Державних зборів Словенії та залишався на цій посаді протягом чотирьох років. 2004 року Пахор обрався до Європейського парламенту.
2008 року соціал-демократи на чолі з Пахором виграли парламентські вибори. За підсумками виборів 11 листопада 2008 Пахор сформував кабінет, який очолював протягом чотирьох років.
20 вересня 2011 року кабінету Пахора було винесено вотум недовіри.
На дострокових парламентських виборах, що відбулися 4 грудня 2011 року, соціал-демократи, очолювані Пахором посіли лише третє місце, втричі знизивши своє представництво у законодавчих зборах. У червні 2012 року Пахор залишив посаду лідера партії.
Пахор висунув свою кандидатуру на президентських виборах 2012 року. У першому турі він посів перше місце, набравши 41,9%, тоді як чинний президент Данило Тюрк набрав 37,2%. За результатами другого туру виборів, що відбулися 2 грудня, Борут Пахор здобув переконливу перемогу, набравши 67,44% голосів виборців.
На президентських виборах 12 листопада 2017 року переобрано президентом Словенії.
Займав пост президента до 22 грудня 2022 року.
Одружений, має сина Луку.
26.12.2022