Справу слухала колегія суддів судової палати у кримінальних справах Апеляційного суду міста Києва, як це відбувається, коли йдеться про умисне вбивство, скоєне групою осіб, або інші злочини, за які загрожує довічне позбавлення волі. На лаві підсудних два полковники – Микола Протасов і Валерій Костенко – та майор міліції Олександр Попович, водій Пукача. На момент убивства Протасов і Костенко були підполковниками.
Суд встановив, що трійка міліціонерів серед інших співробітників Главку кримінального пошуку здійснювала "негласні оперативні заходи” щодо Георгія Гонгадзе, журналіста, керівника інтернет-газети "Українська правда”, який у 1999-2000 роках опублікував "низку критичних за змістом статей щодо влади в Україні, діючого президента України. Посадових осіб МВС України, стверджував про корупцію у вищих ешелонах влади”.
У вересні 2000-го за Георгієм поновили негласне спостереження. Щоб догодити керівникові Олексію Пукачу і з кар’єрних міркувань 15 числа трійка засуджених мала заманити Георгія в підставну машину. Для цього Миколу Протасова, як стверджується, відкликали з відпустки.
В перший день операція зірвалася, оскільки водій Пукача не знав журналіста в обличчя, а його шеф проґавив період, коли Георгій Гонгадзе вийшов з будинку №7 по бульвару Лесі Українки. 16 вересня операцію продовжили "з посиленим особовим складом співробітників ГУКП МВС України”, задіявши спецтехніку і службовий транспорт. Вказівку віддавав Олексій Пукач – "особа, справу відносно якої виділено в окреме провадження”.
За Гонгадзе стежили весь день, поки близько 21 години він не зайшов у будинок №7 по бульвару Лесі Українки. Невдовзі там же зібралися Протасов, Костенко, Попович і Пукач у службовому автомобілі "Хюндай Соната”, які домовилися про план дій і розподіл ролей, щоб заманити журналіста в підставну машину і викрасти його.
Олександр Попович запропонував Георгія підвезти, усадивши його на заднє крісло. Тут же підбігли Протасов і Костенко, які сіли ліворуч і праворуч від журналіста. Олексій Пукач розмістився на передньому сидінні. В службовій машині Гонгадзе скрутили, Пукач бив його по тілу гумовим кийком. "Хюндай” вирушила в бік Білої Церкви. Щоб приховати злочин, водій постійно змінював номери.
Приблизно о 23.45 вони прибули в село Сухоліси Білоцерківського району, де живуть колишні тесть і теща Олексія Пукача. У дворі у родичів керівник пошуковиків узяв мотузку та лопату. На галявині у лісі поблизу цього села і було вбито Георгія.
Журналіста роздягли, зв’язали руки і ноги і намагалися задушити носовою хусточкою. Коли це не вдалося, Олексій Пукач використав як знаряддя вбивства ремінь зі штанів жертви. Тіло одразу підпалили і закопали, замаскувавши місце поховання травою. Речі Георгія розкидали в різних місцях. Хто розчленував і перепоховав тіло у Таращанському лісі, слідство так і не встановило
У суді Микола Протасов визнав себе винним частково. Він стверджував, що утримуючи Георгія під час задушення, "не усвідомлював у повній мірі, що відбувається убивство, наслідків у вигляді смерті не передбачав і не бажав”. Його керівником був Олексій Пукач, з яким він знайомий з 1975 року та підтримував дружні стосунки.
Саме Олексій Пукач відкликав Протасова з відпустки, повідомивши про термінове завдання. 15 вересня він разом із Пукачем їздив по Києву на "Хюндай-Соната”, відстежуючи пересування Гонгадзе.
16 вересня 2000 року Олексій Пукач особисто провів нараду щодо стеження за Георгієм Гонгадзе, посилив наряди, залучивши більше співробітників, зокрема, керівників. Один із них підтверджує, що у той вечір Гія сів у "Хюндай” Пукача.
Як привід для стеження за Георгієм влітку 2000 використовували його ймовірну причетність до збуту наркотиків. Про це навіть цікавилися у Сергія Шолоха – керівника радіо "Континент”.
Свідок Шевченко А.І., допитаний під цим вигаданим прізвищем, підтверджує оповідь Протасова та інших колег по ГУКП. Він розповів, що на машинах спостереження використовували інші номерні знаки, зокрема, і транзитні номери, зняті з машин, привезених з-за кордону.
8 травня 2007 року Апеляційний суд міста Києва взнав винним ще двох підлеглих Олексія Пукача – Наумця М.П. та інший водія Мариняка О.Ф., які за вказівкою керівника затримували та вивозили за межі Києва інших людей – так, як і Гію Гонгадзе. Зокрема, йдеться про знайомого тодішнього опозиціонера Сергія Головатого Олексія Подольського, якого катали "полякати” в Чернігівську область: його також били кийком, накидали на шию ремінь, погрожували з використанням каністри і лопати.
Тобто міліціонери застосували щодо Гії апробовану схему залякування, але на цьому не зупинилися.
Суд встановив, що співробітники МВС довго покривали колег - приховували їх причетність до незаконного стеження за Георгієм Гонгадзе.
Усі підсудні визнали свою вину частково.
